RNA Sequencing of Lung in an Antenatal Glucocorticoid-Rescued Pulmonary Immaturity Murine Model Reveals Roles for Surfactant Protein B (SPB) and Corticotropin Releasing Hormone (CRH).
Notice bibliographique
Résumé
Despite extensive clinical use, the mechanisms by which in utero glucocorticoids promote fetal lung maturity are not well understood. We hypothesized that whole transcriptome shotgun sequencing (RNA-Seq) in biologically relevant models would reveal potential gene pathways by which glucocorticoids antenatally function. We previously reported that in our Erk3-/- MAP kinase family knockout mouse model, 0.4mg/kg dexamethasone administered at E16.5 and E17.5 rescued pulmonary immaturity (decreased sacculation and increased type II pneumocyte glycogen). To significantly expand this work, high integrity (>8.5, Agilent bioanalyzer) coding 3' polyadenylated mRNA was extracted from flash-frozen lung E18.5, and sequencing libraries were generated from random-hexamer synthesized cDNA. <400bp fragmented cDNAs served as sequencing template (Illumina GAII). Transcriptome alignment was against the murine reference genome (NCBI 37), and Cuffdiff software was used to infer expression level. IUGR Erk3-/- neonatal mice died within 24 hours from acute respiratory failure; in utero dexamethasone rescued histological lung maturation and differentiation of type II cells but not neonatal lethality. Employing RNA-Seq, 114 million sequence reads were mapped to the reference genome. Following in silico subtractive hybridization and extensive data mining, two significant glucocorticoid-induced signature pathways in the neonatal lung emerged (B): corticotropin (CRH, CRH receptor 2, urocortin) and surfactants (SPB but not SPA). Biological replicates validated these observations. Antenatal glucocorticoids decrease pulmonary CRH in an Erk3-independent pathway (i.e., histologic type II maturation), and increase Erk3-dependent SPB (i.e., functional pulmonary maturation). Our unbiased RNA shotgun sequencing of fetal signature pathways reveals a previously undescribed role for Erk3, CRH and SPB in fetal pulmonary maturation. (poster)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».