Notice bibliographique
Résumé
Histology has long recognized the intimate link between structure and function. Over centuries histologists have utilized an assortment of optical microscopy techniques to elucidate functional attributes of tissues through investigating tissue architecture. This thesis includes developments in the field of nonlinear optical microscopy for use in histology\nand pathology. The main contributions focused on the study of fibrillar collagen in the extracellular matrix (ECM) with polarization-dependent second harmonic generation (P-SHG) microscopy and the study of harmonophore-stained cellular nuclei with third harmonic generation (THG) microscopy. The P-SHG microscopy technique, “polarization-in, polarization-out” (PIPO), was developed to accurately determine the second-order polarization properties of thin tissue sections. The polarization instrumentation was implemented into a nonlinear optical microscope and a custom fitting algorithm extracted ratios of the second-order nonlinear susceptibility elements at every pixel of an obtained image. Hierarchical organization, at every level of structure, can contribute significantly to the macroscopic second-order polarization properties of fibrillar collagen in the ECM and quantifiable differences between the various tissue architectures were observed. A framework was developed, based on the collagen hierarchical organization, to interpret the submicron polarization properties of various tissues. Complimentary to the P-SHG study of connective tissue, the structure of hematoxylin and eosin (H&E) stained nuclei was revealed by THG microscopy. Imaging the 3D organization of nuclei was possible using the inherent optical sectioning provided by nonlinear microscopy. The origin of THG was investigated with spectrally- and temporally-resolved measurements, as well as the THG ratio method. A rather complex situation involving multiple dye complexes was revealed. The structure of dye aggregates was investigated with THG PIPO microscopy.\nThe techniques of PIPO and harmonophore-stained harmonic generation microscopy show great potential for ultimately furthering understanding of tissue structure and function. H&E stained tissue investigations with THG microscopy has applications as a tool for cancer diagnostics. PIPO can elucidate the symmetry and organization of materials beyond tissues, including starch, nanowires, and protein crystals. In pathology, the developed collagen framework has strong implications, as collagen is recognized as playing a more active role in a number of diseases including idiopathic pulmonary fibrosis, wound repair, and tumour development and progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,167 | 0,090 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».