Abstract A64: Mast cell expressed FcεR beta subunit (MS4A2) is prognostic in lung adenocarcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: The context of immune cell infiltrates within the tumor is associated with cancer prognosis. The type of immune cells and their activation state can provide mediators that either promote or inhibit tumor growth. A growing body of evidence suggest the presence of innate immune cells play a role in shaping early tumor growth. In attempts to gain insight into the immune networks that regulate tumorigenesis, we used genome wide expression datasets of patients with resected early stage non-small cell lung cancer (NSCLC) to identify immune-related genes associated with patient survival. Methods: Gene expression analysis was conducted on microarray datasets from 128 early-stage NSCLC adenocarcinoma resected tumor samples. Limiting analysis to immune-related genes, we identified a minimum gene set that is prognostic for lung adenocarcinoma and validated the gene signature in additional published microarray NSCLC datasets. Using pathway analysis and immunohistochemistry (IHC), we identified a role for mast cell-expressed IgE receptor beta subunit, MS4A2, in lung adenocarcinoma progression. Results: From an immune-related gene list, we identified a minimal gene signature that was able to separate patients into high or low-risk survival groups. This gene signature was shown to be prognostic for NSCLC adenocarcinoma in nine validation datasets (n=1264, hazard ratio 2.07, 95% confidence interval 1.69-2.53, p<0.0001). Pathway analysis of differentially expressed genes within high or low-risk survival subgroups reveals gene ontologies and immune signatures that are enriched for IgE receptor signaling and mast cells in patients with favourable prognosis. Univariate analysis shows that the IgE receptor complex genes, as well as mast cell specific protease, mast cell carboxypeptidase A, are highly prognostic for survival. We are currently using IHC of matched patient samples to validate receptor localization. Conclusion: By limiting gene expression analysis to immune-related genes, we identified a minimal gene set that indicate an important role for IgE receptor signaling and mast cells in favourable lung cancer prognosis. Our data highlights the importance of innate immune cells in shaping lung cancer development. Citation Format: Dalam Ly, Chang-Qi Zhu, Michael Cabanero, Ming-Sound Tsao, Li Zhang. Mast cell expressed FcεR beta subunit (MS4A2) is prognostic in lung adenocarcinoma. [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Tumor Immunology and Immunotherapy; 2016 Oct 20-23; Boston, MA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Immunol Res 2017;5(3 Suppl):Abstract nr A64.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».