Gene Expression Analysis of Bovine Oocytes with High Developmental Competence in Super-Stimulation Protocol.
Notice bibliographique
Résumé
In the last decades, super-stimulation protocols were improved and IVM-IVF became much more popular to treat infertile cows. The harvest of oocytes for such animals by ovum pick-up is often preceded by an ovarian pretreatment with FSH followed by a rest time (coasting) of 44 hours after the last FSH injection. This coasting period allows an increase in the number of transferable embryos produced in vitro. However, the mechanism of such changes during the coasting is not clearly defined. Therefore, the aim of this project is to obtain oocytes that are harvested earlier or later compared to the prescribed time (44h), in order to better understand why these oocytes are of lower or higher competence. Six milking cows (Holstein) received the same super-stimulation treatment followed by one of the four different coasting times (20, 44, 68, and 92 hours) during the luteal phase. Half of the oocytes recovered were put in IVF to observe the developmental competence and the other half was used to perform the transcriptomics analysis with an bovine embryo-specific 44K Agilent slide (EmbryoGene). The analysis of IVF data and blastocyst rate revealed that the best coasting period appears to be between 44 and 68 hours, with an average blastocyst rate of 69%. We then performed every comparison, for a total of 6 (20 hrs vs 44 hrs, 20 hrs vs 68 hrs, 44 hrs vs 68 hrs; etc.) using microarrays. The results showed that more than 15 000 probes (including reference genes, their 3' UTR alternative poly adenylation sites and splice variants) are presents among the four conditions (20; 44; 68 and 92 hours). Concerning the differentially expressed genes, we found between 53 and 477 up or down-regulated genes with a fold-change higher than 2 and p-value < 0.05. Looking at genes that follow a specific pattern, we observed that 365 and 544 genes followed the same direction (positive or negative, fold change ≠ 1, p<0.05), either in the comparison 20 hrs vs 44 hrs and in the 44 hrs vs 68 hrs comparison. When we compared the contrast 44 hrs vs 68 hrs and the 68 hrs vs 92 hrs, only 47 and 79 genes were up or down-regulated in both cases. This suggest that the major part of changes occurs at the beginning of the coasting period and that by the end of the coasting, the changes are finer and less important in term of number of genes differentially expressed. We are now studying more in details the groups of genes that follow those specific profiles to have a better understanding of what happens during this period. Research supported by NSERC and LAB Canada. (poster)
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».