Use of a Pan–Genomic DNA Microarray in Determination of the Phylogenetic Relatedness among Cronobacter spp. and Its Use as a Data Mining Tool to Understand Cronobacter Biology
Notice bibliographique
Résumé
Cronobacter (previously known as Enterobacter sakazakii) is a genus of Gram-negative, facultatively anaerobic, oxidase-negative, catalase-positive, rod-shaped bacteria of the family Enterobacteriaceae. These organisms cause a variety of illnesses such as meningitis, necrotizing enterocolitis, and septicemia in neonates and infants, and urinary tract, wound, abscesses or surgical site infections, septicemia, and pneumonia in adults. The total gene content of 379 strains of Cronobacter spp. and taxonomically-related isolates was determined using a recently reported DNA microarray. The Cronobacter microarray as a genotyping tool gives the global food safety community a rapid method to identify and capture the total genomic content of outbreak isolates for food safety, environmental, and clinical surveillance purposes. It was able to differentiate the seven Cronobacter species from one another and from non-Cronobacter species. The microarray was also able to cluster strains within each species into well-defined subgroups. These results also support previous studies on the phylogenic separation of species members of the genus and clearly highlight the evolutionary sequence divergence among each species of the genus compared to phylogenetically-related species. This review extends these studies and illustrates how the microarray can also be used as an investigational tool to mine genomic data sets from strains. Three case studies describing the use of the microarray are shown and include: (1) the determination of allelic differences among Cronobacter sakazakii strains possessing the virulence plasmid pESA3; (2) mining of malonate and myo-inositol alleles among subspecies of Cronobacter dublinensis strains to determine subspecies identity; and (3) lastly using the microarray to demonstrate sequence divergence and phylogenetic relatedness trends for 13 outer-membrane protein alleles among 240 Cronobacter and phylogenetically-related strains. The goal of this review is to describe microarrays as a robust tool for genomics research of this assorted and important genus, a criterion toward the development of future preventative measures to eliminate this foodborne pathogen from the global food supply.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».