Comparative Proteome Analysis To Study Novel Markers of the Blood Platelet Lesion.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Platelet transfusion is a very common live-saving medical procedure for patients with platelet-deficient diseases like leukemia. In contrast to other blood components, the availability of platelets is restricted since they have a limited shelf-life of 5 days for transfusion purposes. This is due to storage-related deterioration in product quality resulting in the clearance from circulation. To overcome this problem, it is important to understand the molecular mechanisms leading to blood platelet lesion during storage. We were using two different proteomic approaches combined with functional biochemistry to investigate time-dependent changes in the blood platelet proteome. One type of analysis consisted of the separation of the platelet proteome at two different time points of storage, day 1 and day 8, using 2-dimensional (2D) gel electrophoresis for qualitative and DIGE technology for quantitative analysis. The identification of proteins changing in spot intensity was carried out by liquid chromatography and tandem mass spectrometry. The second method was based on stable isotope labeling with ITRAQ/ICAT reagents in combination with protease treatment, equivalent mixing, separation of the resulting peptides and quantitative analysis by mass spectrometry. Taken together, for the 2D/DIGE approach we analyzed 977 spots corresponding to 103 different proteins and for the ITRAQ approach 1428 peptides corresponding to 355 proteins, resulting in 37 proteins significantly changing both quantitatively due to protein synthesis or degradation and qualitatively due to post-translational modification and enzymatic activity. The high degree of correlation between the two approaches validates the experimental set-up and confirmed the requirement for complementary tools to enhance proteome coverage. Among others, increased amounts of integrins and other proteins known to form receptor signaling complexes with these integrins as well as proteins observed in platelet activation were detected. This proves, for the first time, that there is an apparent link between blood platelet storage lesion and cell signaling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».