Abstract P4-12-09: The immune response in triple negative breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Triple Negative Breast Cancer (TNBC) is often associated with a poor prognosis. However TNBC is a heterogeneous group of tumors and while some patients have a poor prognosis others appear to do well long-term. There are currently no clinical or pathologic tumor features that distinguish poor from good outcome. Some TNBCs have infiltration with immune cells and the degree of this infiltration correlates with prognosis. Objectives: 1) To comprehensively examine immune factors associated with outcome in a cohort of TNBC patients, and 2) to develop an immune gene signature that can stratify patients into low and high risk groups. Methods: We profiled RNA from 22 TNBCs (10 who had experienced a recurrence) from our institutional cohort using the PanCancer Immune Profiling Panel from NanoString. This panel consists of an extensive list of 770 genes designed to evaluate the immune microenvironment of tumors. The genes fall into a number of functional categories including; 1. Genes that identify specific immune cells, 2. Cytokines that promote an effective immune response and others that are associated with immunosuppression, 3. Chemokines, which attract immune cells into the tumor, 4. Genes that assess both the activation and inhibition of immune cell function, 5. Genes that identify tumor specific antigens. Analysis was performed in the nSolver Advanced Analysis Program. Results: Using unsupervised hierarchical clustering of genes that were highly differentially expressed, the tumors were classified into 3 immune groups with distinct clinical outcomes. Group 1 ('Immune Excluded'), consisted of tumors with the lowest levels of expression of the immune markers assessed, suggesting that these tumors have a low or absent immune infiltrate; 7 of 7 patients in this group recurred. Group 2 ('Immune Activated') contains tumors that had the highest levels of anti-tumoral immune cell genes and their activation markers. This we interpret to represent a tumor group with a robust anti-tumor immune response; 0 of the 6 patients in this group recurred. In comparison Group 3 ('Immune Low') had moderate to low levels of expression of the majority of immune genes assessed. This we interpret to represent a group of tumors with limited immune cells present; 3 of 9 patients in this group recurred. Lastly, when comparing scores for immune cells, patients that recurred had lower scores for cytotoxic cells, CD8 T cells, Th1 cells and B cells. Conclusion: In this pilot study high expression of anti-tumoral immune genes correlated with good outcome, whereas lower/absent expression of these genes correlated with poor outcome. We are currently extending these findings to our entire cohort of 180 TNBC patients. Citation Format: Gillgrass AE, Pond GR, Levine MN, Whelan TJ, Hassell JA, Bane AL. The immune response in triple negative breast cancer [abstract]. In: Proceedings of the 2016 San Antonio Breast Cancer Symposium; 2016 Dec 6-10; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2017;77(4 Suppl):Abstract nr P4-12-09.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».