Robotic High Thoroughput Multiplex PCR Single-Nucleotide Polymorphism Genotyping of Apheresis Platelet Donors.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Abstract 2106 Poster Board II-83 Background Phenotyping blood donors for human platelet antigens (HPAs) can be limited by the availability of antibodies and methodologies. Robotic high throughput multiplex polymerase chain reaction (PCR) single-nucleotide polymorphism (SNP) technology provides the opportunity to perform mass genotyping for HPAs to screen apheresis donors who are negative for antigens implicated in alloimmune thrombocytopenia. This technology needs to be validated by standard polymerase chain reaction-SSP to establish a repository of platelet donors to allow for timely and adequate platelet support for patients requiring HPA-matched platelets. The objective of this study is to validate the use of high throughput SNP technology. Methods This is a prospective cohort study of 750 regular apheresis donors. Platelet apheresis donors were identified from Canadian Blood Services' Toronto Centre and genotyped for HPA 1-5 and 15 using high throughput SNP (SNPStream®) technology. HPAs were genotyped using both the sense and antisense DNA strands of each polymorphism to ensure maximum specificity. The genotypes identified by SNP were confirmed by standard methods thus all donors found to be negative for antigens implicated in alloimmune thrombocytopenia were retested using manual (sequence specific SSP-PCR at Canadian Blood Services' Platelet Immunology Laboratory and at the Toronto Centre. Results Of the 750 donors that were screened, 130 donors were found to be negative for antigens implicated in alloimmune thrombocytopenia based on SNP technology. The table illustrates genotyping results using SNP technology and SSP-PCR confirmation to date. In some instances, donors were homozygous for two low frequency HPA genotypes: 2 donors were homozygous for both HPA-1b/b and -2b/b, 6 donors for HPA-1b/b and -3b/b, 1 donor for HPA-2b/b and -3b/b, 1 donor for HPA-1b/b and -5b/b, 10 donors for HPA-1b/b and -15b/b, 4 donors for HPA-5b/b and -15b/b and 1 donor for HPA-2b/b and 15-b/b. HPA System Number of Genotypes Identified by SNP Technology Discrepant results Identified by SSP HPA-1 b/b 15 2 (13%) HPA-2 b/b 8 3 (27%) HPA-3 b/b 25 1 (4%) HPA-5 b/b 1 0 HPA-15 b/b 9 1 (11%) Conclusions: Robotic high throughput multiplex PCR SNP is potentially useful for mass genotyping of apheresis platelet donors and can identify both low frequency antigen-negative donors and combinations of these genotypes. This technology needs to be further developed. Disclosures: No relevant conflicts of interest to declare.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».