A Five Gene Phylogenetic Study of Fuireneae (Cyperaceae) with a Revision of <i>Isolepis humillima</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Cyperaceae tribe Fuireneae consists of six genera (Actinoscirpus, Pseudoschoenus, Fuirena, Bolboschoenus, Schoenoplectus, and Schoenoplectiella) and approximately 155 species distributed widely across all continents except Antarctica. Recent molecular analyses suggest that Fuireneae is paraphyletic with respect to Cypereae, but limited taxonomic sampling and low branch support have resulted in unresolved relationships among key genera. To address the potential paraphyly of Fuireneae as well as intratribal and intertribal relationships, thirty taxa representing major lineages from the six Fuireneae genera within Cypereae were sequenced for five coding and non-coding regions from the nuclear (internal transcribed spacer, ITS) and chloroplast (trnL intron/ trnL-trnF spacer; partial ndhF, rbcL and matK genes) genomes. Maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian analyses of the dataset strongly support Fuireneae as a grade of three clades: (1) Fuirena, (2) Bolboschoenus and (3) a group composed of Cypereae and the four remaining Fuireneae genera (Schoenoplectus, Schoenoplectiella, Actinoscirpus, and Pseudoschoenus). Individual and combined gene trees consistently position Isolepis humillima within a well supported clade consisting of species in Schoenoplectiella sect. Schoenoplectiella. Based on molecular evidence, we transfer Isolepis humillima to Schoenoplectiella humillima, and suggest that a large-scale revision of tribal limits is required to reflect the natural relationships of the genera currently treated in Fuireneae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».