Genetic diversity and signatures of selection in various goat breeds revealed by genome-wide SNP markers
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The detection of signatures of selection has the potential to elucidate the identities of genes and mutations associated with phenotypic traits important for livestock species. It is also very relevant to investigate the levels of genetic diversity of a population, as genetic diversity represents the raw material essential for breeding and has practical implications for implementation of genomic selection. A total of 1151 animals from nine goat populations selected for different breeding goals and genotyped with the Illumina Goat 50K single nucleotide polymorphisms (SNP) Beadchip were included in this investigation. The proportion of polymorphic SNPs ranged from 0.902 (Nubian) to 0.995 (Rangeland). The overall mean HO and HE was 0.374 ± 0.021 and 0.369 ± 0.023, respectively. The average pairwise genetic distance (D) ranged from 0.263 (Toggenburg) to 0.323 (Rangeland). The overall average for the inbreeding measures FEH, FVR, FLEUT, FROH and FPED was 0.129, −0.012, −0.010, 0.038 and 0.030, respectively. Several regions located on 19 chromosomes were potentially under selection in at least one of the goat breeds. The genomic population tree constructed using all SNPs differentiated breeds based on selection purpose, while genomic population tree built using only SNPs in the most significant region showed a great differentiation between LaMancha and the other breeds. We hypothesized that this region is related to ear morphogenesis. Furthermore, we identified genes potentially related to reproduction traits, adult body mass, efficiency of food conversion, abdominal fat deposition, conformation traits, liver fat metabolism, milk fatty acids, somatic cells score, milk protein, thermo-tolerance and ear morphogenesis. In general, moderate to high levels of genetic variability were observed for all the breeds and a characterization of runs of homozygosity gave insights into the breeds’ development history. The information reported here will be useful for the implementation of genomic selection and other genomic studies in goats. We also identified various genome regions under positive selection using smoothed FST and hapFLK statistics and suggested genes, which are potentially under selection. These results can now provide a foundation to formulate biological hypotheses related to selection processes in goats.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle