Comparative Gene Expression Profiling of In Vivo-Derived Expanded and Hatched Porcine Blastocyst-Stage Embryos.
Notice bibliographique
Résumé
During the pre-implantation period of embryonic development, the mammalian embryo exhibits dramatic changes and many key events take place. The developmental stage at which porcine embryos are most commonly manipulated is the blastocyst, and the quality of the embryos used is critical to the success of reproductive technologies such as embryo transfer. Despite the importance of this critical period, our ability to determine early embryonic quality based on morphological criteria is limited. As an alternative, characterization of the gene expression profile of the early porcine embryo could identify gene markers of embryonic quality. The objective of this study was to perform comparative gene expression profiling analysis of in vivo-derived expanded and hatched porcine blastocysts using two-colored microarray (Pig-Oligo Array, USDA Pig Genome Consortium). Microarray data were interpreted using WebArray and DAVID functional annotation tools. The microarray results identified 1783 genes that were commonly expressed in both expanded and hatched porcine blastocysts. A further 148 genes were differentially expressed (p<0.05) and in comparison to expanded blastocysts, 35 genes were down-regulated and 113 genes were up-regulated after hatching. Many of the differentially expressed genes are related to important molecular mechanisms, such as macromolecule metabolism and energy related pathways. A total of 14 genes of interest (LDHA, LDHB, SLC16A7 (previously known as MCT2), BSG, SLC2A1, SLC2A3, SLC2A5, POU5F1 (previously known as OCT4), ACTB, GAPDH, GRB2, SETX, SPG7, and YWHAZ) were selected from the gene list generated by the microarray analysis, and their expressions were verified using SYBR Green-based real-time PCR. For the genes tested, the real-time PCR results were consistent with the microarray results. The differences detected in the gene expression profiles between in vivo-derived expanded and hatched porcine blastocysts increases our understanding of the molecular mechanisms involved in the hatching process and identifies potential candidate gene markers of porcine embryo quality. This research was supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC) and is a part of the activities of the EmbryoGENE NSERC Strategic Research Network. (poster)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».