Comparative transcriptome analysis of isogenic cell line models and primary cancers links capicua (<scp>CIC</scp>) loss to activation of the MAPK signalling cascade
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Notice bibliographique
Résumé
CIC encodes a transcriptional repressor, capicua (CIC), whose disrupted activity appears to be involved in several cancer types, including type I low-grade gliomas (LGGs) and stomach adenocarcinomas (STADs). To explore human CIC's transcriptional network in an isogenic background, we developed novel isogenic CIC knockout cell lines as model systems, and used these in transcriptome analyses to study the consequences of CIC loss. We also compared our results with analyses of transcriptome data from TCGA for type I LGGs and STADs. We identified 39 candidate targets of CIC transcriptional regulation, and confirmed seven of these as direct targets. We showed that, although many CIC targets appear to be context-specific, the effects of CIC loss converge on the dysregulation of similar biological processes in different cancer types. For example, we found that CIC deficiency was associated with disruptions in the expression of genes involved in cell-cell adhesion, and in the development of several cell and tissue types. We also showed that loss of CIC leads to overexpression of downstream members of the mitogen-activated protein kinase (MAPK) signalling cascade, indicating that CIC deficiency may present a novel mechanism for activation of this oncogenic pathway. © 2017 The Authors. Journal of Pathology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of Pathological Society of Great Britain and Ireland.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle