Detection of colorectal neoplasia associated K-Ras mutations in human urine
Notice bibliographique
Résumé
1005 Background: Since colorectal neoplasia-associated genes have been detected in human blood, we hypothesized that small DNA fragments containing genetic mutations associated with colorectal neoplasias are filtered and excreted in the urine. If so, genes associated with colorectal cancer will be detected in the urine. K-ras mutations are commonly associated with colorectal neoplasia and do not occur in the urinary tract. Methods: K-ras mutation detection: 200 microl of urine was extracted with guanidine thiocyanate and purifed using a Wizard DNA isolation kit. Codon 12 K-ras mutation detection methods–1: restriction enriched PCR, 20 cycles, with primers that amplify both wild type and mutated DNA but with an artificial BstNI site at the 5’ end of the amplified product (>2 K-ras copies per assay); 2: Peptide nucleic acid clamping real time PCR (>15 K-ras copies per assay). Human subjects: Training set = 20 patients with known K-ras mutations in colorectal cancer tissue. Test set = blinded urine samples from colorectal adenocarcinoma (N=48), adenoma (N=31), hyperplastic polyp (N=12) and endoscopically normal colon and rectum (N=60). Results: 1. Human urine contains 150–250 base pair DNA fragments derived from the circulation. These fragments can be readily distinguished from high molecular weight DNA from sloughed urinary tract cells. 2. Training set for K-ras detection (tissue confirmed K-ras mutations): Serum 6/20 (30%), Plasma (11/20 (55%), Urine: 18/20 (90%), (p<0.15 for plasma, p<0.001 for serum). 3. Test set (blinded): a. >2 copies of mutated K-ras genes were detected in: 16/48 (33%) adenocarcinomas; 23/31 (74%) adenomas; 5/12 (42%) hyperplastic polyps, and 19/60 (31%) non-neoplasia controls. b. >15 copies of mutated K-ras genes were detected in: 12/48 (25%) adenocarinomas; 15/31 (48%) adenomas; 3/12 (25%) hyperplastic polyps, and 11/60 (18%) non-neoplasia controls. Conclusions: Small DNA fragments in human urine contain K-Ras mutations identical to those found in colorectal cancer DNA. The sensitivity for detection of K-ras mutations in urine appears equivalent or superior to K-ras mutation detection in feces or serum. DNA mutations from systemic epithelial neoplasias may be detected in filtered urinary DNA fragments and may be useful for early detection of neoplasia. No significant financial relationships to disclose.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».