New Molecular Assay for the Proliferation Signature in Mantle Cell Lymphoma Applicable to Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Biopsies
Notice bibliographique
Résumé
Purpose Mantle cell lymphoma is an aggressive B-cell neoplasm that displays heterogeneous outcomes after treatment. In 2003, the Lymphoma/Leukemia Molecular Profiling Project described a powerful biomarker-the proliferation signature-using gene expression in fresh frozen material. Herein, we describe the training and validation of a new assay that measures the proliferation signature in RNA derived from routinely available formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) biopsies. Methods Forty-seven FFPE biopsies were used to train an assay on the NanoString platform, using microarray gene expression data of matched fresh frozen biopsies as a gold standard. The locked assay was applied to pretreatment FFPE lymph node biopsies from an independent cohort of 110 patients uniformly treated with rituximab plus cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine, and prednisone. Seventeen biopsies were tested across three laboratories to assess assay reproducibility. Results The MCL35 assay, which contained a 17-gene proliferation signature, yielded gene expression of sufficient quality to assign an assay score and risk group in 108 (98%) of 110 archival FFPE biopsies. The MCL35 assay assigned patients to high-risk (26%), standard-risk (29%), and low-risk (45%) groups, with different lengths of overall survival (OS): a median of 1.1, 2.6, and 8.6 years, respectively (log-rank for trend, P < .001). In multivariable analysis, these risk groups and the Mantle Cell Lymphoma International Prognostic Index were independently associated with OS ( P < .001 for both variables). Concordance of risk assignment across the three independent laboratories was 100%. Conclusion The newly developed and validated MCL35 assay for FFPE biopsies uses the proliferation signature to define groups of patients with significantly different OS independent of the Mantle Cell Lymphoma International Prognostic Index. Importantly, the analytic and clinical validity of this assay defines it as a reliable biomarker to support risk-adapted clinical trials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».