DNA Methylation Defects in Prenatal and Postnatal Germ Cells of Dnmt3L Haploinsufficient Male Mice.
Notice bibliographique
Résumé
The enzyme DNA methyltransferase 3-like (DNMT3L) is essential for the acquisition of DNA methylation patterns in germ cells as well as normal germ cell development and has been reported as the first paternal effect gene in mammals. Although Dnmt3L heterozygous males are fertile, they have abnormalities in X chromosome compaction, postmeiotic gene expression and sire an increased number of pups with XO monosomy. To examine the postulated epigenetic basis of the paternal effects, we examined DNA methylation acquisition at intergenic (non-CpG island, non-repeat) sites along chromosome 9 in male germ cells isolated during the prenatal and postnatal periods. At 16.5 dpc (days post coitum), 42% of intergenic loci examined were hypomethylated, by 20–30%, in Dnmt3L heterozygotes as compared to Dnmt3L wildtype mice. By day 1 after birth DNA methylation differences in spermatogonia between the two genotypes had resolved for 67% of the sites; in contrast, 33% of sites showed residual hypomethylation, in the range of 10%, associated with Dnmt3L haploinsufficiency. By postnatal days 4 and 6, germ cell DNA methylation levels were similar in the heterozygous and wildtype mice and remained similar later in spermatogenesis in spermatozoa. The findings suggest that germ cell DNA methylation differences between the genotypes resolve shortly after birth before the spermatogonia begin to divide. To confirm and extend these results, higher resolution studies using Reduced Representation Bisulphite Sequencing (RRBS) are being carried out to examine methylation differences at 3-5 million CpG sites across the genome. The DNA methylation defects described here in prenatal and early postnatal male germ cells of Dnmt3L heterozygous mice are the earliest epigenetic perturbation yet identified for a mammalian paternal effect gene and may influence downstream epigenetic and genetic events that lead to the previously observed abnormalities during spermatogenesis and paternal effects in the offspring. (Supported by CIHR).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».