Dissecting the genomic landscape of metastatic bladder cancer using circulating tumor DNA.
Notice bibliographique
Résumé
378 Background: To date, only limited data are available on genomic alterations present in metastatic lesions of patients with metastatic urothelial carcinoma (mUC). The constant release of cell free DNA (cfDNA) from tumor cells into the peripheral blood stream may provide a valuable source for detection of cancer associated somatic copy number variations and mutations. The aim of this project was to evaluate the feasibility of detecting clinically relevant genomic alterations in mUC by next-generation sequencing (NGS) of circulating cfDNA. Methods: Peripheral blood (20ml) was collected from 15 patients with mUC before chemotherapy. Plasma cfDNA was isolated using the QIAAmp Circulating Nucleic Acid Kit. Germline control DNA was extracted from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) using the DNEasy Kit (Qiagen). We performed deep (>500X) targeted DNA sequencing on cfDNA and germline DNA using a custom NimbleGen SeqCap EZ Choice Library and Illumina sequencers. Our custom panel included 50 bladder cancer-relevant genes, including key tumor suppressors (e.g. TP53, RB1, CDKN2A), cell cycle drivers (e.g. CCND1, CCNE1), DNA repair genes (e.g. ATM, BAP1, ERCC2), PI3K pathway genes (e.g. PIK3CA, PTEN, AKT1), and other oncogenic pathways (e.g. RAS/RAF, EGFR, ERBB2, PPARG, FGFR3). Results: Somatic mutations and/or copy number changes were detected in 14/15 samples, with a median variant allele frequency >5%. The overall mutational landscape was highly consistent with bladder cancer, including mutations in TP53 and ARID1A (and other chromatin modifiers), as well as hotspot activating mutations in PIK3CA. Typical copy number changes, including focal amplifications of ERBB2, KRAS, and CCNE1 were detected. We identified complex gene rearrangements, including an activating FGFR3 fusion in one case. Extended analyses with a larger patient population are currently pending. Conclusions: Non-invasive characterization of genomic changes in peripheral blood of patients with mUC using NGS of plasma cfDNA is feasible in a high proportion of patients. Analysis of cfDNA might therefore provide an improved understanding of genomic changes in mUC and could be developed as a biomarker to help guide the use of targeted therapies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».