Identification of candidate genes for the seed coat colour change in a <i>Brachypodium distachyon</i> mutant induced by gamma radiation using whole-genome re-sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Brachypodium distachyon has been proposed as a model plant for agriculturally important cereal crops such as wheat and barley. Seed coat colour change from brown-red to yellow was observed in a mutant line (142-3) of B. distachyon, which was induced by chronic gamma radiation. In addition, dwarf phenotypes were observed in each of the lines 142-3, 421-2, and 1376-1. To identify causal mutations for the seed coat colour change, the three mutant lines and the wild type were subjected to whole-genome re-sequencing. After removing natural variations, 906, 1057, and 978 DNA polymorphisms were detected in 142-3, 421-2, and 1376-1, respectively. A total of 13 high-risk DNA polymorphisms were identified in mutant 142-3. Based on a comparison with DNA polymorphisms in 421-2 and 1376-1, candidate causal mutations for the seed coat colour change in 142-3 were selected. In the two independent Arabidopsis thaliana lines carrying T-DNA insertions in the AtCHI, seed colour change was observed. We propose a frameshift mutation in BdCHI1 as a causal mutation responsible for seed colour change in 142-3. The DNA polymorphism information for these mutant lines can be utilized for functional genomics in B. distachyon and cereal crops.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».