Genetic landscape of extreme responders with anaplastic oligodendroglioma
Notice bibliographique
Résumé
// Matthias Holdhoff 1 , Gregory J. Cairncross 2 , Thomas M. Kollmeyer 3 , Ming Zhang 1 , Peixin Zhang 4 , Minesh P. Mehta 5 , Maria Werner-Wasik 6 , Luis Souhami 7 , Jean-Paul Bahary 8 , Young Kwok 5 , Alan C. Hartford 9 , Arnab Chakravarti 10 , Srinivasan Yegnasubramanian 1 , Bert Vogelstein 1 , Nickolas Papadopoulos 1 , Kenneth Kinzler 1 , Robert B. Jenkins 3 and Chetan Bettegowda 1 1 The Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns Hopkins, Baltimore, MD, USA 2 Charbonneau Cancer Institute at the University of Calgary, Calgary, AB, USA 3 Mayo Clinic, Rochester, MN, USA 4 NRG Oncology Statistics and Data Management Center, Philadelphia, PA, USA 5 University of Maryland Medical Center, Baltimore, MD, USA 6 Thomas Jefferson University Hospital, Philadelphia, PA, USA 7 McGill University Health Centre, Montreal, QC, Canada 8 Centre Hospitalier de l’Université de Montréal, Montreal University, Montreal, QC, Canada 9 Darthmouth-Hitchcock Medical Center, Lebanon, NH, USA 10 The Ohio State University, Columbus, OH, USA Correspondence to: Matthias Holdhoff, email: // Chetan Bettegowda, email: // Keywords : oligodendroglioma, chemotherapy, survival, genomics, co-deletion 1p/19q Received : October 01, 2016 Accepted : March 21, 2017 Published : March 31, 2017 Abstract Background: The NRG Oncology RTOG 9402 trial showed significant survival benefit in patients with 1p/19q co-deleted anaplastic oligodendrogliomas (AO) who received both radiation (RT) and chemotherapy (PCV regimen) versus RT alone. Substantial separation of the survival curves was only seen after 7.3 years. We aimed to determine whether there are specific genetic alterations that distinguish co-deleted AO patients who benefit from the addition of PCV from those who do not. Methods: We performed whole exome sequencing on matched tumor and normal DNA from all available short-term (STS) and long-term survivors (LTS) who received RT+PCV. hTERT status and rs55705857 genotypes (G-allele) were analyzed in both cohorts. Results: Six STS (survival of <7.3y) and 7 LTS (survival of ≥7.3y and no progression) had sufficient material for analysis. There was no significant difference between the groups regarding age, performance status and extent of resection. On average, STS had 7 and LTS 4 mutations. Most common mutations in STS vs . LTS were: IDH1 (67 vs. 86%), CIC (50 vs . 71%) and FUBP1 (17 vs . 71%). The hTERT promoter was mutated in 83% STS and 86% LTS. Genotyping of rs55705857 showed a higher prevalence of G allele carriers in LTS than STS (43 vs . 17%). Conclusions: These findings confirm that IDH , CIC , FUBP1 mutations and rs55705857 genotype are common in AO. No distinct genetic signature was identified to differentiate STS and LTS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».