Evaluation of the Decipher prostate cancer classifier to predict metastasis and disease-specific mortality from genomic analysis of diagnostic prostate needle biopsy specimens.
Notice bibliographique
Résumé
4 Background: Accurate risk stratification after diagnosis of prostate cancer (PCa) is key to optimal treatment decision-making. Decipher RP is an extensively validated genomic classifier used to determine biological potential for metastasis. Here, in a multi-institutional cohort, we aimed to evaluate its ability to predict metastasis and prostate cancer-specific mortality from analysis of PCa needle biopsy tumor tissue specimens. Methods: We identified 175 patients treated with either first-line RP or first-line radiation therapy (RT) + androgen deprivation therapy (ADT) with available genomic expression profiles generated from diagnostic biopsy specimens obtained from three tertiary referral centers: Cleveland Clinic, Brigham and Women’s Hospital and Johns Hopkins. The core with the highest grade was sampled and Decipher was calculated based on a locked random forest model. Cox univariable and multivariable (MVA) proportional hazards model and survival c-index were used to evaluate the performance of Decipher. Results: Overall, 85% of patients had NCCN intermediate and high-risk disease. Of the 175 patients, 43% and 57% were treated with first-line RP and RT+ADT, respectively. With a median follow-up of 6 years, 32 patients developed metastases and 11 of these patients died of PCa. For prediction of metastasis 5 years post biopsy, Decipher had a c-index of 0.74 (95% confidence interval [CI] 0.63-0.84) compared to 0.66 (95% CI 0.53-0.77) for CAPRA and 0.66 (95% CI 0.55-0.77) for NCCN risk group. On MVA, when modeled with CAPRA, Bx Decipher remained a significant predictor of metastasis (Decipher Bx hazard ratio [HR] 1.33 per 10% increase in score, 95% CI 1.06–1.69, P = 0.01). Decipher Bx was also a significant predictor of PCSM (Decipher Bx HR 1.57 per 10%, 95% CI 1.07–2.40, P = 0.02) Conclusions: Decipher Bx was able to predict metastasis and PCSM from diagnostic biopsy specimens in a cohort of primarily intermediate and high-risk men regardless of first line treatment. This additional genomic information provides important risk stratification to help guide therapy for men with intermediate- and high-risk disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».