Comparison of Taqman low density array (TLDA) five-gene assay for tumor cells in bone marrow and blood with histologic bone marrow examination and imaging for disease assessment and outcome in patients with recurrent/refractory neuroblastoma (NBL): A new approaches to neuroblastoma therapy (NANT) study.
Notice bibliographique
Résumé
10039 Background: Accurate quantification of tumor burden in NBL patients is needed to define homogenous populations for therapy and establish response criteria that predict outcome. The 5-gene TLDA assay was developed for quantification of NBL cells in bone marrow (BM) and blood (BLD). Methods: Expression of CHGA, DCX, DDC, PHOX2B, and TH (NBL genes) was quantified with TLDA and reported as the geometric mean cycle threshold for the 5 genes (DGS=detection gene score; inversely related to tumor content, 40=negative). Sixty-three patients with recurrent/refractory NBL had TLDA performed on 107 BM and 99 BLD samples (66 paired) at 140 time points. Based on central review of reports, tumor longest diameter (LD) on CT/MRI (n=118), and number of 123I-MIBG avid sites (n=120) were recorded. Percentage of tumor cells in BM was from institutional reports of bilateral BM aspirates/biopsies (n=109). Overall response was assessed per NANT Response Criteria. Spearman rank correlation was performed. Results:TLDA detected tumor cells in 62/99(63%) BLD (average DGS=37.45) and 91/107(85%) BM samples (average DGS=33.42). 39/91(42%) with positive BM TLDA were negative by morphology. BLD and BM TLDA were correlated r = 0.6540, p< 0.0001 with stronger correlation with lower BM DGS scores. The BM and BLD DGS correlated with % BM involvement (BM r= -0.63, p<0.0001; BLD r= -0.35, p=0.0023) and number of MIBG sites (BM r=-0.34, p=0.001, BLD r=-0.51 p<0.0001) but not LD. Number of MIBG sites was also correlated with % BM involvement (r= 0.45, p<0.001) and LD (r= 0.28, p=0.0039). Analysis of 43 BM pairs demonstrated decreasing DGS correlated with overall progressive disease (r= 0.39, p=0.01). Conclusions: This TLDA assay detects NBL cells in both BM and BLD at high rates, and frequently detects tumor cells when BM morphology is negative. Quantification of tumor with DGS correlates with % BM involvement and number MIBG sites. TLDA may provide an additional parameter to delineate response in NBL. Clinical trial information: NCT01587300.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».