Mycobacteria Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeat, Spoligotyping and Drug Resistance of Isolates from Pulmonary Tuberculosois Patients in Kenya
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Background: Molecular typing allows a rapid and precise species differentiation and is essential in investigating the spread of specific genotypes and any relationship with drug resistance. Methodology: To compare the discrimination power of 24-loci Mycobacteria interspersed repetitive units-variable number of tandem repeat (MIRU-VNTR) to spoligotyping in determining the circulating genotypes of Mycobacterium tuberculosis in isolates from pulmonary tuberculosis patients in Kenya, a total of 204 isolates were typed. Results: Spoligotyping identified 22 spoligo lineages; while 36(17.6%) isolates were not determined. MIRU-VNTR typing identified 12 genotypes; Kenya H37_Rv_ like, S-like that had never been reported before and which were not identified by spoligotyping were identified. Others were Uganda I and II, LAM, Beijing, TUR, EAI, Delhi/C, S and Haarlem. Only 8 (3.9%) were not defined by MIRU-VNTR. Delhi/CAS, EAI, S, S-like, LAM and Beijing had strains that showed resistance to all the five drugs tested. Two strains of EAI and 2 of S genotypes were resistant to all the five drugs tested. Beijing genotype commonly associated with drug resistance was found to be third in drug resistance (14.7%) after Delhi/CAS (28.9%) and LAM (17.6%) with the highest resistance towards isoniazid and pyrazinamide (3.9% each). MIRU-VNTR typing was more discriminative than spoligotyping; identifying 10 unique H37_Rv-like isolates designated KeniaH37_Rv_like genotype and 14 S-like genotype. Conclusion: MIRU-VNTR typing has not been reported in any other study in Kenya and its higher discrimination can help identify genotypes that cannot be determined by spoligotyping. Association of Beijing genotype drug resistance particularly isoniazid should be of concern since it may result in multidrug resistance in the patients.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle