A Silver-Specific DNAzyme with a New Silver Aptamer and Salt-Promoted Activity
Notice bibliographique
Résumé
Most RNA-cleaving DNAzymes require a metal ion to interact with the scissile phosphate for activity. Therefore, few unmodified DNAzymes work with thiophilic metals because of their low affinity for phosphate. Recently, an Ag + -specific Ag10c DNAzyme was reported via in vitro selection. Herein, Ag10c is characterized to rationalize the role of the strongly thiophilic Ag + . Systematic mutation studies indicate that Ag10c is a highly conserved DNAzyme and its Ag + binding is unrelated to C-Ag + -C interaction. Its activity is enhanced by increasing Na + concentrations in buffer. At the same metal concentration, activity decreases in the following order: Li + > Na + > K + . Ag10c binds one Na + ion and two Ag + ions for catalysis. The pH–rate profile has a slope of ∼1, indicating a single deprotonation step. Phosphorothioate substitution at the scissile phosphate suggests that Na + interacts with the pro- R p oxygen of the phosphate, and dimethyl sulfate footprinting indicates that the DNAzyme loop is a silver aptamer binding two Ag + ions. Therefore, Ag + exerts its function allosterically, while the scissile phosphate interacts with Na +, Li +, Na +, or Mg 2+ . This work suggests the possibility of isolating thiophilic metal aptamers based on DNAzyme selection, and it also demonstrates a new Ag + aptamer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».