A Silver-Specific DNAzyme with a New Silver Aptamer and Salt-Promoted Activity
Notice bibliographique
Résumé
Most RNA-cleaving DNAzymes require a metal ion to interact with the scissile phosphate for activity. Therefore, few unmodified DNAzymes work with thiophilic metals because of their low affinity for phosphate. Recently, an Ag + -specific Ag10c DNAzyme was reported via in vitro selection. Herein, Ag10c is characterized to rationalize the role of the strongly thiophilic Ag + . Systematic mutation studies indicate that Ag10c is a highly conserved DNAzyme and its Ag + binding is unrelated to C-Ag + -C interaction. Its activity is enhanced by increasing Na + concentrations in buffer. At the same metal concentration, activity decreases in the following order: Li + > Na + > K + . Ag10c binds one Na + ion and two Ag + ions for catalysis. The pH–rate profile has a slope of ∼1, indicating a single deprotonation step. Phosphorothioate substitution at the scissile phosphate suggests that Na + interacts with the pro- R p oxygen of the phosphate, and dimethyl sulfate footprinting indicates that the DNAzyme loop is a silver aptamer binding two Ag + ions. Therefore, Ag + exerts its function allosterically, while the scissile phosphate interacts with Na +, Li +, Na +, or Mg 2+ . This work suggests the possibility of isolating thiophilic metal aptamers based on DNAzyme selection, and it also demonstrates a new Ag + aptamer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».