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Enregistrement W2600130431 · doi:10.1101/110833

Novel blood pressure locus and gene discovery using GWAS and expression datasets from blood and the kidney

2017· preprint· en· W2600130431 sur OpenAlexaff
Louise V. Wain, Ahmad Vaez, Rick Jansen, Roby Joehanes, Peter J. van der Most, A. Mesut Erzurumluoglu, Paul F. O’Reilly, Claudia P. Cabrera, Helen R. Warren, Lynda M. Rose, Germaine C. Verwoert, Jouke‐Jan Hottenga, Rona J. Strawbridge, Tõnu Esko, Dan E. Arking, Shih-Jen Hwang, Xiuqing Guo, Zoltán Kutalik, Stella Trompet, Nick Shrine, Alexander Teumer, Janina S. Ried, Joshua C. Bis, Albert V. Smith, Najaf Amin, Ilja M. Nolte, Leo‐Pekka Lyytikäinen, Anubha Mahajan, Nicholas J. Wareham, Edith Hofer, Peter K. Joshi, Kati Kristiansson, Michela Traglia, Aki S. Havulinna, Anuj Goel, Mike A. Nalls, Siim Sõber, Dragana Vuckovic, Jian’an Luan, Fabiola Del Greco M, Kristin L. Ayers, Jaume Marrugat, Daniela Ruggiero, Lorna M. Lopez, Teemu Niiranen, Stefan Enroth, Anne Jackson, Christopher P. Nelson, Jennifer E. Huffman, Weihua Zhang, Jonathan Marten, Ilaria Gandin, Sarah E. Harris, Tatijana Zemonik, Yingchang Lu, Εvangelos Εvangelou, Nabi Shah, Martin H. de Borst, Massimo Mangino, Bram P. Prins, Archie Campbell, Ruifang Li‐Gao, Ganesh Chauhan, Christopher Oldmeadow, Gonçalo Abecasis, Maryam Abedi, Caterina Barbieri, Michael R. Barnes, Chiara Batini, John Beilby, Tineka Blake, Michael Boehnke, Erwin P. Böttinger, Peter S. Braund, Morris J. Brown, Marco Brumat, Harry Campbell, John C. Chambers, Massimiliano Cocca, Francis S. Collins, John Connell, Heather J. Cordell, Jeffrey Damman, Gail Davies, Eco J. C. de Geus, Renée de Mutsert, Joris Deelen, Yusuf Demirkale, Alex S. F. Doney, Marcus Dörr, Martin Farrall, Teresa Ferreira, Mattias Frånberg, He Gao, Vilmantas Giedraitis, Christian Gieger, Franco Giulianini, Alan J. Gow, Anders Hamsten, Tamara B. Harris, Albert Hofman, Jennie Hui, Marjo‐Riitta Järvelin, Åsa Johansson, Andrew D. Johnson, Antti Jula, Mika Kähönen, Sekar Kathiresan, Kay‐Tee Khaw, Ivana Kolčić, Seppo Koskinen, Claudia Langenberg, Marty Larson, Lenore J. Launer, Benjamin Lehne, David C. Liewald, Li Lin, Lars Lind, François Mach, Chrysovalanto Mamasoula, Cristina Menni, Borbála Mifsud, Yuri Milaneschi, Anna Morgan, Andrew D. Morris, Alanna C. Morrison, Peter J. Munson, Priyanka Nandakumar, Quang Tri Nguyen, Teresa Nutile, Albertine J. Oldehinkel, Ben A. Oostra, Elin Org, Sandosh Padmanabhan, Aarno Palotie, Guillaume Paré, Alison Pattie, Brenda W.J.H. Penninx, Neil R Poulter, Peter P. Pramstaller, Olli T. Raitakari, Meixia Ren, Kenneth Rice, Paul M. Ridker, Harriëtte Riese, Samuli Ripatti, Antonietta Robino, Jerome I. Rotter, Igor Rudan, Yasaman Saba, Aude Saint Pierre, Cinzia Sala, Antti-Pekka Sarin, Reinhold Schmidt, Rodney J. Scott, Marc A. Seelen, Denis C. Shields, David S. Siscovick, Rossella Sorice, Alice Stanton, David J. Stott, Johan Sundström, Morris A. Swertz, Kent D. Taylor, Simon Thom, Ioanna Tzoulaki, Christophe Tzourio, André G. Uitterlinden, Uwe Vöker, Péter Vollenweider, Gonneke Willemsen, Alan F. Wright, Jie Yao, Sébastien Thériault, David Conen, Attia John, Peter Sever, Stéphanie Debette, Dennis O. Mook‐Kanamori, Eleftheria Zeggini, Tim D. Spector, Pim van der Harst, Anne‐Claire Vergnaud, Ruth J. F. Loos, Ozren Polašek, John M. Starr, Giorgia Girotto, Caroline Hayward, Jaspal S. Kooner, Cecila M. Lindgren, Véronique Vitart, Nilesh J. Samani, Jaakko Tuomilehto, Ulf Gyllensten, Paul Knekt, Ian J. Deary, Marina Ciullo, Roberto Elosúa, Bernard Keavney, Andrew A. Hicks, Robert A. Scott, Paolo Gasparini, Maris Laan, YongMei Liu, Hugh Watkins, Catharina A. Hartman, Veikko Salomaa, Daniela Toniolo, Markus Perola, James F. Wilson, Helena Schmidt, Jing Hua Zhao, Terho Lehtimäki, Cornelia M. van Duijn, Vilmundur Guðnason, Bruce M. Psaty, Annette Peters, Rainer Rettig, J. Wouter Jukema, David P. Strachan, Walter Palmas, Andres Metspalu, Erik Ingelsson, Dorret I. Boomsma, Oscar H. Franco, Murielle Bochud, Christopher Newton‐Cheh, Patricia B. Munroe, Paul Elliott, Daniel I. Chasman, Aravinda Chakravarti, Jo Knight, Andrew P. Morris, Daniel Levy, Martin D. Tobin, Harold Snieder, Mark J. Caulfield, Georg Ehret

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHormonal Regulation and Hypertension
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesMedical Research Council
Mots-clésGenome-wide association studyImputation (statistics)Blood pressureBiologyExpression quantitative trait lociGeneLocus (genetics)Kidney diseaseGenetic association1000 Genomes ProjectGeneticsCandidate geneComputational biologyGenetic variationBioinformaticsSingle-nucleotide polymorphismGenotypeEndocrinologyMissing data

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Elevated blood pressure is a major risk factor for cardiovascular disease and has a substantial genetic contribution. Genetic variation influencing blood pressure has the potential to identify new pharmacological targets for the treatment of hypertension. To discover additional novel blood pressure loci, we used 1000 Genomes Project-based imputation in 150,134 European ancestry individuals and sought significant evidence for independent replication in a further 228,245 individuals. We report 6 new signals of association in or near HSPB7, TNXB, LRP12, LOC283335, SEPT9 and AKT2 , and provide new replication evidence for a further 2 signals in EBF2 and NFKBIA . Combining large whole-blood gene expression resources totaling 12,607 individuals, we investigated all novel and previously reported signals and identified 48 genes with evidence for involvement in BP regulation that are significant in multiple resources. Three novel kidney-specific signals were also detected. These robustly implicated genes may provide new leads for therapeutic innovation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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