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Enregistrement W2600150431 · doi:10.1080/07060661.2017.1312532

Incidence, distribution and genetic diversity of<i>Grapevine red blotch virus</i>in British Columbia

2017· article· en· W2600150431 sur OpenAlexaffvenueabout
Sudarsana Poojari, D. Thomas Lowery, M. Rott, A. Schmidt, J. R. Úrbez‐Torres

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Plant Pathology · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensCanadian Food Inspection AgencyAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésVineyardBiologyPhylogenetic treeCladeGenetic diversityVirusPlant virusHorticultureVeterinary medicineBotanyGeneticsGeneDemographyPopulationMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Grapevine red blotch virus (GRBV) is a recently identified virus reported mainly from several grape-growing regions in the USA. To date, no information about the occurrence of GRBV is available in British Columbia (BC). Accordingly, a large-scale survey was conducted across all grape-growing regions of BC to determine the incidence and distribution of GRBV. A total of 2000 composite samples representing nine white and eight red Vitis vinifera cultivars from 128 vineyard blocks were tested for GRBV by PCR using virus-specific primers. The results showed that 32 out of 2000 (1.6%) composite samples were positive for GRBV, indicating a low incidence of this virus in BC vineyards. An analysis of the vineyard blocks positive for GRBV revealed that they were established between 2011 and 2014, suggesting a recent introduction of GRBV into BC, probably through infected plant material. Complete genome characterization and phylogenetic analysis of 29 representative GRBV isolates from BC grouped 15 isolates into clade I, sharing less than 95% identity at the nucleotide level, whereas 14 isolates grouped into clade II, sharing more than 95% identity at the nucleotide level. This result was consistent with the presence of both genetic variants in BC vineyards. Putative recombination events were detected among aligned complete genome sequences of BC isolates of GRBV and global isolates of the virus. These findings underscore the need for domestic clean plant propagation programmes and development of long-term management strategies to minimize GRBV spread in BC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,764
Score d'incertitude au seuil0,789

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations52
Publié2017
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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