Urinary metabolite profiling by nuclear magnetic resonance spectroscopy to distinguish control patients from Wilms tumor (WT) and WT tumor by stage.
Notice bibliographique
Résumé
e21013 Background: Accurate risk stratification of pediatric renal tumors is essential in optimal management. Urine metabolic profiling may enhance accurate categorization. We determined if the urinary metabolite signature of favourable histology WT is distinct from normal controls, and if these signatures vary between stages, histology and relapse. Methods: Urine was collected from 10 healthy male controls (average age 65 (range 25 to 95) months). 91 frozen urine samples from the Children’s Oncology Group biobank were obtained from Stage 1 (n=20), Stage 2 (n=27), Stage 3 (n=28), and Stage 4 (n=16) patients with anaplastic histology (n=15) and favorable histology (n=76). Relapse occurred in 38. Samples were matched for age, gender, and race. Urine samples (200 μL) were mixed with an internal reference standard in heavy water. For each sample, 600 μL of the solution was drawn and 1D 1H-NMR spectral data were acquired. The spectra underwent standard analysis before being exported to MATLAB R2008b (MathWorks, Natick, MA) for advanced statistical processing. Results: Separation of the metabolite signatures of control and WT tumor urine samples was demonstrated by a validated partial least squares discriminant analysis (PLS-DA). Urine levels of creatine, creatinine, acetate and citrate were decreased in WT tumor compared to controls. The urine of WT tumor patients demonstrated elevated levels of amino acids, sugars, dimethylamine, 2-oxoglutarate, alanine, and branched chain amino acids versus controls. The branched chain amino acids that were noted to be altered included: leucine, isoleucine, iso-valerate, 2-hydroxybutyrate, and 2-oxoisovalerate. Urinary metabolomic profiles among different stages of WT tumor showed distinct profiles and separation by PLS-DA. Group clustering was noted among control, different stages, relapse, and non-relapse samples, with some overlap. Conclusions: Metabolomic profiling of urine by NMR demonstrates distinct, but not completely separable, patterns that distinguish between controls, WT stage and histology, and relapse. Determining how distinct these findings are from other cancers and the pathways responsible is needed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».