Molecular dissection of primary mediastinal germ cell tumors.
Notice bibliographique
Résumé
417 Background: Mediastinal non-seminomas (M-NS) have a poor prognosis compared to non-M-NS germ cell tumours (GCT) (i.e. primary gonadal or mediastinal seminomas (PG-S and M-S) and primary gonadal non-seminoma (PG-NS). M-NS tumors, while having pathological and serological similarity to other nonseminomas, are clinically and biological distinct and are considered IGCCC poor risk. In this study we aimed to evaluate the somatic mutation rate and prevalence of actionable/informative mutations in M-NS compared to M-S and primary GCT to inform consideration of targeted/precision therapy in these patients. Methods: Pre-treatment formalin fixed paraffin embedded specimens were collected from eleven patients with mediastinal and primary GCT patients (4 M-NS, 2 M-S, 3 PG-NS and 2 PG-S). High-density tumor areas were selected for DNA extraction and targeted sequencing of 578 established pan-cancer genes was performed (Roche Nimblegen SeqCaP EZ Comprehensive Cancer Design). Results: Consistent with the known landscape of testicular cancer, we identified five tumors with amplification of chromosome 12p, as well as hotspot mutations in KIT (n = 2) and KRAS (n = 1). Three of the 4 M-NS tumors had a non-synonymous mutation rate > 1 per Mb, which is higher than the primary TGCT and M-S sequenced here (range 0-0.5 per Mb) and the established low mutation rate for TGCT of 0.3-0.9 mutations/Mb. Mutations in TP53 (n = 2) and PTEN (n = 1) were only identified in patients with M-NS. The 2 patients with a TP53 mutation had a high non-synonymous mutation rate (1.3/Mb and 7.3/Mb), extensive metastatic disease with liver metastasis and high tumor markers (β-HCG: 1281 IU/L and α-FPT: 8500 ng/ml) at diagnosis. Both died of their disease and were the only patients in the cohort to have died. Conclusions: This study suggests that M-NS GCTs harbour more somatic alterations than non-M-NS GCTs, potentially underlying their poor prognosis. Our data are consistent with previous reports of an association between TP53 mutations and poor outcomes. Confirmation of our findings could lead to multi-center studies of targeted/precision therapies in patients with M-NS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».