Genomic analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) in plasma of metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC) patients (pts) treated with abiraterone acetate (abi) and enzalutamide (enza).
Notice bibliographique
Résumé
5021 Background: CollectingctDNA represents a promising and minimally invasive approach for profiling the cancer genome of mCRPC pts, which may reveal key resistance mechanisms to agents such as abi and enza. Methods: Plasma was collected from 51 mCRPC pts at cessation of abi (n=26), enza (n=17) or other agents (n=8) due to any of biochemical, objective or clinical progression. DNA was extracted and subjected to array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) for chromosome copy number analysis and next generation sequencing of exon 8 of the androgen receptor (AR) ligand-binding domain (LBD). Results: Sufficient DNA was available for aCGH in 48 of 51 pts (94%). 8p loss, 8q gain and AR gain were seen in 29% (14/48), 40% (19/48) and 54% (26/48) of pts respectively, with AR amplification status being concordant between ctDNA and fluorescence in situ hybridization (FISH) of concurrent metastatic tumour biopsies in 3 of 4 pts. Other copy number changes detected included high CCND1 and CCNE1 gain (4% each). Correlation of clinical and genomic data showed that AR amplification was significantly more frequent in pts progressing on enza compared to those progressing on abi (76% vs. 39%, p=0.027; Chi-square). In 26 pts switched onto enza after ceasing abi/other agents, those with AR amplification at initiation of enza were significantly more likely to have enza-refractory disease (i.e. no PSA decline on treatment) compared to pts without AR amplification (60% vs. 19%, p=0.046; Chi-square). AR sequencing in 29 pts detected several high frequency mutations including T877A and F876L in 41% (12/29) and 10% (3/29) of pts respectively. The F876L mutation, linked with resistance to enza pre-clinically, was detected in two enza-naïve pts, both of whom progressed within 3 months on subsequent enza therapy. Conclusions: Genomic analysis of ctDNA from mCRPC pts identified key aberrations that may be associated with therapeutic resistance including AR amplification and the F876L AR mutation. Our data illustrate the potential utility of profiling ctDNA to characterize the genomic landscape of mCRPC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».