Use of gene set analysis (GSA) for molecular classification of responders and nonresponders to FOLFOX therapy in colorectal cancer (CRC).
Notice bibliographique
Résumé
3628 Background: Folinic acid (FOL) fluorouracil (F) and oxaliplatin (OX) chemotherapy is a commonly used therapy for CRC. Lacking in current literature are clinically relevant classifiers for potential responders. GSA technique is statistical method that detects significance of sets of genes, instead of examining a gene-by-gene basis. The objective of this study was to identify differential functionally annotated gene expression profiles associated with response to FOLFOX therapy in CRC tumors using gene-by-gene and GSA approaches. Methods: Genome wide expression profile data were collected on pre-treatment tumor tissues from patients with unresectable CRC receiving FOLFOX therapy (n = 83, Affymetrix HG U133A, GSE28702, Tsuji et al. BJC 2012). Gene expression was compared between responders (n = 42) and Non-responders (n = 41). GSA was conducted on 3272 curated gene sets from the Molecular Signatures Database (Subramanian, Tamayo et al. 2005, PNAS 102, 15545-15550) annotated by biological pathway, biochemical function and clinical behavior. Significant analysis of Microarray (SAM) and GSA (Tibshirani et al.) was done to identify gene sets associated with FOLFOX response. Results: Differential expressions of 23 genes were significantly associated with response, based on a single gene approach (p-value < 0.05). 13 of these were located on Chromosome 17 (p < 0.001). Among these, the top 5 ranked genes included NPEPPS, MBTD1, CEP44, LTA4H and CPNE4 which are involved in metal ion binding and aminopeptidase activity. GSA revealed only 44 out of 3272 gene sets were significantly associated with response, with a false discovery rate less than 25%. Increased expression of B-lymphocyte differentiation and Ras-signalling-related gene sets was associated with responders while mTOR signaling and hematopoietic stem cell-related genes set were associated with non-responders. Conclusions: Our data showed that differential biological pathways could be identified to predict response to FOLFOX therapy for CRC patients. Analysis may be useful to help define clinically relevant biologic subtypes among patients with metastatic colorectal cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».