ALK-immunohistochemistry (IHC) standardization with D5F3 antibody in non-small cell lung carcinoma (NSCLC): An international consensus study.
Notice bibliographique
Résumé
e22042 Background: The outcome of patients with advanced NSCLC with ALK fusions detected by ALK FISH has improved significantly when treated with crizotinib. ALK IHC*, which is a relatively inexpensive assay, correlates well with ALK FISH. An international ALK IHC project was initiated to formulate scoring standardization and assess reproducibility of an ALK IHC assay. Methods: Using ALK FISH status (Abbott, Des Plaines, IL) as the enrollment criteria, formalin-fixed paraffin-embedded tumors from 103 NSCLC patients from 6 different institutes were stained and analyzed for ALK protein expression using a recently developed fully automated ALK IHC assay (Ventana, Tucson, AZ). Seven international observers blindly assessed the specimens as “positive” or “negative” after two training sessions and the use of an assessment manual. Results: The agreement between ALK IHC and ALK FISH for evaluable cases where 4/7 or 6/7 readers agreed on ALK status was 92/98 cases (93.9%, 95%CI 87.3-97.2) and 90/96 cases (93.8%, 95%CI 87.0-97.1) overall; positive IHC agreement was 39/43 cases (90.7%, 95%CI 78.4-96.3) for both methods; negative IHC agreement was 53/55 cases (96.4%, 95%CI 87.7-99.0) and 51/53 cases (96.2%, 95%CI 87.2-99.0), respectively. Average inter-observer agreement was 1987/2032 reads (97.8%, 95%CI 95.9-99.1) overall; average positive agreement was 1,710/1,755 reads (97.4%, 95%CI 95.0-99.1); average negative agreement was 2,264/2,309 reads (98.1%, 95%CI 96.4-99.3). Of the 6 discrepant cases, 4 were unanimously scored as ALK IHC negative with ALK FISH being positive. Two were confirmed by chromogenic ISH to be ALK rearranged, one was unevaluable, and one was genomically heterogeneous. The remaining 2 discrepant cases were discordant among scorers relating to ALK IHC cellular compartment staining in one case and a minute sample size showing ALK IHC staining in the other. Conclusions: ALK IHC standardized assessment achieved high inter-observer reproducibility among an international panel of participants and high correlation with ALK FISH. A screening strategy using ALK IHC should be considered.*ALK IHC has not been approved for use in the US as a diagnostic for crizotinib.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,129 | 0,047 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».