<i>Arabidopsis</i> fructokinase-like protein associations are regulated by ATP
Notice bibliographique
Résumé
The Arabidopsis thaliana fructokinase-like proteins FLN1 and FLN2 are required for the differentiation of plastids into photosynthetically competent chloroplasts. However, their specific roles are unknown. FLN1 and FLN2 localize in a multisubunit prokaryotic-type polymerase (plastid-encoded RNA polymerase) complex that transcribes genes encoding components of photosynthesis-related assemblies. Despite sequence identity with fructokinases, which are members of the pfkB (phosphofructokinase B) family of enzymes, kinase activity of FLN1 and FLN2 has not been demonstrated. Homology modeling using pfkB X-ray structures, sequence comparisons, and mutational analyses suggests that FLN proteins may bind their substrates differently from other pfkB proteins. We provide evidence that purified recombinant FLN1 undergoes an ATP-mediated change in binding affinity with both itself and recombinant FLN2. The ATP-mediated change in the affinity of FLN1 for FLN2 is not affected by mutations in conserved active-site residues known to affect catalysis in active pfkB enzymes. In contrast, recombinant FLN2 hetero-oligomerizes independently of ATP concentration. At ATP concentrations that promote FLN1 homomeric interactions, the FLN1–FLN2 hetero-oligomer is the dominant form in vitro. We further present evidence that FLN1 associates with a large protein complex in chloroplasts independently of ATP. Given that ATP levels fluctuate between light–dark cycles in the 1–5 mM range, we propose that changes in FLN1 and FLN2 interactions are biologically meaningful.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».