Promoter polymorphisms of the SWI/SNF chromatin remodeling complex molecule, BRM, and esophageal adenocarcinoma outcome.
Notice bibliographique
Résumé
4077 Background: Better understanding of the biology of esophageal cancer may help improve its treatment. The SWI/SNF chromatin remodeling complex is an important regulator of gene expression that has been linked to cancer development and outcome. Expression of Brahma (BRM), a critical catalytic subunit of SWI/SNF, is lost in a variety of solid tumors. Two novel BRM promoter polymorphisms (BRM -741 and BRM -1321) have been correlated with BRM loss and elevated cancer risk in upper aerodigestive cancers (Wang et al, Carcinogenesis, 2012) and more recently in lung cancer outcome (Cuffe et al, ESMO, 2012) by our research teams. Objectives: We evaluated BRM polymorphisms and their role in the survival of esophageal cancer patients. Methods: 223 histologically-confirmed esophageal adenocarcinoma patients of all stages were evaluated. The two BRM polymorphisms utilized Taqman genotyping. Cox proportional hazards models adjusted for clinical prognostic variables and determined the association of polymorphisms with overall survival (OS) and progression free survival (PFS). Adjusted hazard ratio (aHR) and 95% confidence intervals (CI) were calculated. Results: Among our patients, 85% were male; the mean age was 63 years. 37% had stage IV advanced tumors. The median PFS was 1.03 years, while median OS was 1.82 years. After adjustment for known prognostic clinical variables, carrying homozygous variants of both BRM polymorphisms (double homozygotes) was associated with a worse outcome: aHR 1.84 (1.06-2.34, p=0.03) for OS and aHR 1.93 (1.10-2.48, p=0.02) for PFS. The direction and magnitude of associations were similar in subsets of patients by age, gender, smoking status, use of platinum agents, and disease stage. Non-significant trends in the same direction but of aHR magnitudes 1.34-1.54 were seen in the patients who carried one homozygous variant or who were double heterozygotes. Conclusions: We report the initial association of BRM polymorphisms with survival in esophageal cancer. We plan to explore additional relationships and validate these findings in other datasets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».