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Enregistrement W2604355298 · doi:10.1136/jmedgenet-2016-104509

<i>GRIN2B</i> encephalopathy: novel findings on phenotype, variant clustering, functional consequences and treatment aspects

2017· article· en· W2604355298 sur OpenAlexaff
Konrad Platzer, Hongjie Yuan, Hannah M. Schutz, Alexander Winschel, Wenjuan Chen, Chun Hu, Hirofumi Kusumoto, Henrike Heyne, Katherine L. Helbig, Sha Tang, Marcia Willing, Brad T. Tinkle, Darius J. Adams, Christel Depienne, Boris Keren, Cyril Mignot, Eirik Frengen, Petter Strømme, Saskia Biskup, Dennis Döcker, Tim M. Strom, Heather C. Mefford, Candace T. Myers, Alison M. Muir, Amy Lacroix, Lynette G. Sadleir, Ingrid E. Scheffer, Eva H. Brilstra, Mieke M. van Haelst, Jasper J. van der Smagt, Levinus A. Bok, Rikke S. Møller, Uffe Birk Jensen, J Gordon Millichap, Anne T. Berg, Ethan M. Goldberg, Isabelle De Bie, Stéphanie Fox, Philippe Major, Julie R. Jones, Elaine H. Zackai, Rami Abou Jamra, Arndt Rolfs, Richard J. Leventer, John A. Lawson, Tony Roscioli, Floor E. Jansen, Emmanuelle Ranza, Christian Korff, Anna-Elina Lehesjoki, Carolina Courage, Tarja Linnankivi, Christine M. Stanley, Mark Mintz, Dianalee McKnight, Amy Decker, Wen‐Hann Tan, Mark A. Tarnopolsky, Lauren Brady, Markus Wolff, Lutz Dondit, Hélio Pedro, Sarah Parisotto, Kelly L. Jones, Anup D. Patel, David Neal Franz, Rena Vanzo, Elysa Marco, Judith D. Ranells, Nataliya Di Donato, William B. Dobyns, Bodo Laube, Stephen F. Traynelis, Johannes R. Lemke

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensMcMaster Children's HospitalUniversité de MontréalMcGill UniversityMcMaster UniversityMontreal Children's Hospital
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Health and Medical Research CouncilCure KidsWellcome Trust
Mots-clésPhenotypeBiologyComputational biologyEncephalopathyBioinformaticsGeneticsEvolutionary biologyMedicinePsychiatryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: encephalopathy and explored potential prospects of personalised medicine. METHODS: variants were collected from several diagnostic and research cohorts, as well as from 43 patients from the literature. Functional consequences and response to memantine treatment were investigated in vitro and eventually translated into patient care. RESULTS: Overall, de novo variants in 86 patients were classified as pathogenic/likely pathogenic. Patients presented with neurodevelopmental disorders and a spectrum of hypotonia, movement disorder, cortical visual impairment, cerebral volume loss and epilepsy. Six patients presented with a consistent malformation of cortical development (MCD) intermediate between tubulinopathies and polymicrogyria. Missense variants cluster in transmembrane segments and ligand-binding sites. Functional consequences of variants were diverse, revealing various potential gain-of-function and loss-of-function mechanisms and a retained sensitivity to the use-dependent blocker memantine. However, an objectifiable beneficial treatment response in the respective patients still remains to be demonstrated. CONCLUSIONS: encephalopathy is also frequently associated with movement disorder, cortical visual impairment and MCD revealing novel phenotypic consequences of channelopathies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations256
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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