Abstract IA02: Defects in DNA repair genes revealed by clinical sequencing of advanced cancer patients
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In 2011, we introduced the Mi-Oncoseq program, an IRB-approved protocol to carry out integrative sequencing of advanced cancer patients. It was one of the first comprehensive DNA and RNA sequencing programs offered for cancer patients. The purpose of this program was to determine the utility of genomic sequencing of tumors and germline coupled with a multi-disciplinary Precision Medicine Tumor Board (PMTB) in the management of advanced cancer patients. Collectively across all patient cohorts we have enrolled over 1500 patients since inception of Mi-Oncoseq where molecular results for both somatic and germline aberrations are returned to physicians. Both common and rare mutations were identified in numerous cellular pathways that are involved in carcinogenesis including those in the DNA repair pathway. We identified homozygous deletions, deleterious mutations and/or LOH in genes including BRCA1/2, ATM, Fanconi's anemia genes, and CHEK2 that are potentially actionable. For example, a multi-institutional, collaborative SU2C-PCF study of men with metastatic castrate-resistant prostate cancer (mCRPC) found that treatment with the PARP inhibitor olaparib in patients whose prostate cancers were no longer responding to standard treatments and who had defects in DNA-repair genes led to a high response rate (Mateo et al. NEJM, 2015). Additionally, a follow-up study found 11.8% of mCRPC patients had a germline mutation in a DNA-repair gene, including moderate risk genes (ATM, CHEK2, PALB2, RAD51D) for which clinical testing criteria do not exist (Pritchard et al, NEJM, 2016). Most of these patients would not qualify for germline genetic testing under current clinical care models. Our studies demonstrate that DNA repair mutations are common in mCRPC patients who may benefit from therapies such as PARP inhibitors and when identified in the germline, could have a significant impact on their family members where early cancer screening could be implemented as appropriate. Citation Format: Arul Chinnaiyan. Defects in DNA repair genes revealed by clinical sequencing of advanced cancer patients [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on DNA Repair: Tumor Development and Therapeutic Response; 2016 Nov 2-5; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Res 2017;15(4_Suppl):Abstract nr IA02.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».