Prevalence of <i>PALB2</i> mutations in the Creighton University breast cancer family registry.
Notice bibliographique
Résumé
e12519 Background: PALB2 (i.e., the partner and localizer of BRCA2) plays an important role in double-strand DNA damage repair through interaction with BRCA1, BRCA2, and RAD51. Xia et al. (Nat Genet 2007;39:159-161) determined that homozygous mutations in PALB2 cause Fanconi’s anemia. Studies by Chen et al. (Clin Cancer Res 2008;14:5931-5937) and Janatova et al. (Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2013;22:2323-2332) found that, based on women with a family history of breast cancer, those who carried heterozygous mutations in PALB2 had an increased risk of developing hereditary breast cancer. Furthermore, a recent large-scale PALB2 predisposition study by Antoniou et al. (N Engl J Med 2014;371:497-506), indicates that the risk of breast cancer among PALB2 heterozygous mutation carriers is comparable to those of pathogenic BRCA2 mutation carriers, with a higher risk among those younger than 40 years of age; the breast cancer risk by age 70 is as high as 35%. According to Nguyen-Dumont et al. (Breast Cancer Res Treat 2015;149:547-554), germline heterozygous loss-of-function mutations in PALB2 are responsible for approximately 2.4% of familial breast cancer. Methods: The PALB2 gene was screened for mutations in 90 unrelated breast cancer families from Creighton’s Breast Cancer Family Registry who had previously tested negative for mutations in BRCA1 and BRCA2. All 13 coding exons of PALB2 plus 20 bp from both sides of each exon were amplified using Wafergene SmartChip Technology and sequenced by Illumina MiSeq next generation sequencer. Results: Two of 90 breast cancer probands (2.2%) were found to carry a truncating mutation in PALB2 (c.2411_2412delCT and c.2053delC). Both probands were diagnosed with breast cancer before the age of 35 and had three relatives with breast cancer. This early age of onset is consistent with findings by Nguyen-Dumont et al. (Breast Cancer Res Treat 2015;149:547-554). Also several missense variants with unknown clinical significance were identified among screened patients. Conclusions: Mutations of PALB2 are rare but testing for PALB2 mutations is a useful adjunct for patients undergoing testing for BRCA1 and BRCA2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».