Genome-Wide Identification and Analyses of Calmodulins and Calmodulin-like Proteins in Lotus japonicas
Notice bibliographique
Résumé
L. japonicus, a model plant of legumes plants, is widely used in symbiotic nitrogen fixation. A large number of studies on it have been published based on the genetic, biochemical, structural studies. These results are secondhand reports that CaM is a key regulator during Rhizobial infection. In plants, there are multiple CaM genes encoding several CaM isoforms with only minor amino acid differences. Moreover, the regulation mechanism of this family of proteins during rhizobia infection is still unclear. In the current study, a family of genes encoding CaMs and CMLs that possess only the Ca2+-binding EF-hand motifs were analyzed. Using ML and BI tree based on amino acid sequence similarity, seven loci defined as CaMs and nineteen CMLs, with at least 23% identity to CaM, were identified. The phylogenetics, gene structures, EF hand motif organization, and expression characteristics were evaluated. Seven CaM genes, encoding only 4 isoforms, were found in L. japonicus. According to qRT-PCR, four LjCaM isoforms are involved in different rhizobia infection stages. LjCaM1 might be involved in the early rhizobia infection epidermal cells stage. Furthermore, additional structural differences and expression behaviors indicated that LjCMLs may have different potential functions from LjCaMs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».