Modified FlowCAM procedure for quantifying size distribution of zooplankton with sample recycling capacity
Notice bibliographique
Résumé
We have developed a modified FlowCAM procedure for efficiently quantifying the size distribution of zooplankton. The modified method offers the following new features: 1) prevents animals from settling and clogging with constant bubbling in the sample container; 2) prevents damage to sample animals and facilitates recycling by replacing the built-in peristaltic pump with an external syringe pump, in order to generate negative pressure, creates a steady flow by drawing air from the receiving conical flask (i.e. vacuum pump), and transfers plankton from the sample container toward the main flowcell of the imaging system and finally into the receiving flask; 3) aligns samples in advance of imaging and prevents clogging with an additional flowcell placed ahead of the main flowcell. These modifications were designed to overcome the difficulties applying the standard FlowCAM procedure to studies where the number of individuals per sample is small, and since the FlowCAM can only image a subset of a sample. Our effective recycling procedure allows users to pass the same sample through the FlowCAM many times (i.e. bootstrapping the sample) in order to generate a good size distribution. Although more advanced FlowCAM models are equipped with syringe pump and Field of View (FOV) flowcells which can image all particles passing through the flow field; we note that these advanced setups are very expensive, offer limited syringe and flowcell sizes, and do not guarantee recycling. In contrast, our modifications are inexpensive and flexible. Finally, we compared the biovolumes estimated by automated FlowCAM image analysis versus conventional manual measurements, and found that the size of an individual zooplankter can be estimated by the FlowCAM image system after ground truthing.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».