5. Automated analysis of 1p/19q status by FISH in oligodendroglial tumours.
Notice bibliographique
Résumé
Automated analysis of 1p and 19q status in oligodendroglial tumors by fluorescence in-situ hybridization (FISH) can be achieved by image-analysis software present in the majority of institutions using the FISH technique. Despite the widespread availability of this software, there are no specific guidelines in the literature on how to use it. We studied which green/red (G/R) probe signal combinations are predictive of 1p/19q co-deletion in a retrospective series of 53 oligodendroglial tumours and defined a new algorithm with a reduced sequence of combinations compared to previous studies. This algorithm was then tested and refined on a prospective series of 45 oligodendroglial tumours. The new algorithm scores 24 G/R combinations, which represent less than 50 % of the total observed combinations in our series. This algorithm excludes some previously described combinations and redefines the place of others. G/R combinations of 5/2, 6/2 and 6/3 associate with deletion status combinations, combinations of 1/2 associate with normal chromosome status, and combinations of 3/3 and 4/4 associate with imbalanced chromosome status. The new algorithm when applied to the combination and ratio methods of signal probe analysis gives a high concordance between manual and automated analysis on examination of 100 tumour cells (91% concordance for 1p and 89% concordance for 19q) and total concordance on examination of 200 tumour cells. This highlights the value of automated analysis to identify cases with imbalanced chromosome status, in which a larger number of tumour cells should be study by manual analysis. Our algorithm can be easily programmed on all existing FISH analysis software platforms and should facilitate multicentric evaluation and standardization of 1p/19q assessment in gliomas.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».