Cord blood hematopoietic cells from preterm infants display altered DNA methylation patterns
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Premature infants are highly vulnerable to infection. This is partly attributable to the preterm immune system, which differs from that of the term neonate in cell composition and function. Multiple studies have found differential DNA methylation (DNAm) between preterm and term infants' cord blood; however, interpretation of these studies is limited by the confounding factor of blood cell composition. This study evaluates the epigenetic impact of preterm birth in isolated hematopoietic cell populations, reducing the concern of cell composition differences. METHODS: Genome-wide DNAm was measured using the Illumina 450K array in T cells, monocytes, granulocytes, and nucleated red blood cells (nRBCs) isolated from cord blood of 5 term and 5 preterm (<31 weeks gestational age) newborns. DNAm of hematopoietic cells was compared globally across the 450K array and through site-specific linear modeling. RESULTS: Nucleated red blood cells (nRBCs) showed the most extensive changes in DNAm, with 9258 differentially methylated (DM) sites (FDR < 5%, |Δβ| > 0.10) discovered between preterm and term infants compared to the <1000 prematurity-DM sites identified in white blood cell populations. The direction of DNAm change with gestational age at these prematurity-DM sites followed known patterns of hematopoietic differentiation, suggesting that term hematopoietic cell populations are more epigenetically mature than their preterm counterparts. Consistent shifts in DNAm between preterm and term cells were observed at 25 CpG sites, with many of these sites located in genes involved in growth and proliferation, hematopoietic lineage commitment, and the cytoskeleton. DNAm in preterm and term hematopoietic cells conformed to previously identified DNAm signatures of fetal liver and bone marrow, respectively. CONCLUSIONS: This study presents the first genome-wide mapping of epigenetic differences in hematopoietic cells across the late gestational period. DNAm differences in hematopoietic cells between term and <31 weeks were consistent with the hematopoietic origin of these cells during ontogeny, reflecting an important role of DNAm in their regulation. Due to the limited sample size and the high coincidence of prematurity and multiple births, the relationship between cause of preterm birth and DNAm could not be evaluated. These findings highlight gene regulatory mechanisms at both cell-specific and systemic levels that may be involved in fetal immune system maturation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».