Determination of the Biological Form of Human Cytomegalovirus DNA in the Plasma of Solid-Organ Transplant Recipients
Notice bibliographique
Résumé
Background: Whether cytomegalovirus (CMV) DNA exists in plasma as virion-associated or free DNA is uncertain. Methods: An assay combining DNase I digestion and CMV quantitative polymerase chain reaction (DNase-CMV-qPCR) was developed to differentiate free naked DNA from virion DNA. One hundred three frozen and 10 fresh CMV DNA-positive plasma samples from solid-organ transplant recipients (SOTRs) were tested. Three sets of paired qPCR (P-qPCR) assays with amplicons of variable length were used to study CMV DNA fragmentation in 20 SOTR plasma samples, viral stocks (Towne, Merlin, AD169) and the first World Health Organization (WHO) international standard (IS) for CMV DNA. Results: In all plasma samples, 98.8%-100% of CMV DNA was free DNA; this was the only form in 93 of 103 (90.3%) frozen and all 10 fresh samples tested using DNase-CMV-qPCR. Low levels of virion CMV DNA were found in 10 of 103 (9.7%) samples with higher total DNA load. Cytomegalovirus DNA results were highly reproducible for 3 CMV virus stocks and WHO IS (P > .80), tested by three sets of paired q-PCR. However, for the 20 SOTR plasma samples, the smaller amplicon assay result was 2.6-fold, 3.4-fold, and 6.5-fold higher than the longer amplicion result (P < .001). Conclusions: Cytomegalovirus DNA in SOTR plasma is almost exclusively free DNA, highly fragmented, and not virion associated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».