Identification of a conserved 8 aa insert in the PIP5K protein in the <i>Saccharomycetaceae</i> family of fungi and the molecular dynamics simulations and structural analysis to investigate its potential functional role
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Notice bibliographique
Résumé
Homologs of the phosphatidylinositol-4-phosphate-5-kinase (PIP5K), which controls a multitude of essential cellular functions, contain a 8 aa insert in a conserved region that is specific for the Saccharomycetaceae family of fungi. Using structures of human PIP4K proteins as templates, structural models were generated of the Saccharomyces cerevisiae and human PIP5K proteins. In the modeled S. cerevisiae PIP5K, the 8 aa insert forms a surface exposed loop, present on the same face of the protein as the activation loop of the kinase domain. Electrostatic potential analysis indicates that the residues from 8 aa conserved loop form a highly positively charged surface patch, which through electrostatic interaction with the anionic portions of phospholipid head groups, is expected to play a role in the membrane interaction of the yeast PIP5K. To unravel this prediction, molecular dynamics (MD) simulations were carried out to examine the binding interaction of PIP5K, either containing or lacking the conserved signature insert, with two different membrane lipid bilayers. The results from MD studies provide insights concerning the mechanistic of interaction of PIP5K with lipid bilayer, and support the contention that the identified 8 aa conserved insert in fungal PIP5K plays an important role in the binding of this protein with membrane surface. Proteins 2017; 85:1454-1467. © 2017 Wiley Periodicals, Inc.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle