Expression of Nestin associates with BRCA1 mutations, a basal-like phenotype and aggressive breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
We here examined whether Nestin, by protein and mRNA levels, could be a predictor of BRCA1 related breast cancer, a basal-like phenotype, and aggressive tumours. Immunohistochemical staining of Nestin was done in independent breast cancer hospital cohorts (Series I-V, total 1257 cases). Also, TCGA proteomic data (n = 103), mRNA microarray data from TCGA (n = 520), METABRIC (n = 1992), and 6 open access breast cancer datasets (n = 1908) were analysed. Patients with Nestin protein expression in tumour cells more often had BRCA1 germline mutations (OR 8.7, p < 0.0005, Series III), especially among younger patients (<40 years at diagnosis) (OR 16.5, p = 0.003). Nestin protein positivity, observed in 9-28% of our hospital cases (Series I-IV), was independently associated with reduced breast cancer specific survival (HR = 2.0, p = 0.035) and was consistently related to basal-like differentiation (by Cytokeratin 5, OR 8.7-13.8, p < 0.0005; P-cadherin OR 7.0-8.9, p < 0.0005; EGFR staining, OR 3.7-8.2, p ≤ 0.05). Nestin mRNA correlated significantly with Nestin protein expression (ρ = 0.6, p < 0.0005), and high levels were seen in the basal-like intrinsic subtype. Gene expression signalling pathways linked to high Nestin were explored, and revealed associations with stem-like tumour features. In summary, Nestin was strongly associated with germline BRCA1 related breast cancer, a basal-like phenotype, reduced survival, and stemness characteristics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».