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Enregistrement W2608082925 · doi:10.1200/jco.2016.69.4935

Prediction of Breast and Prostate Cancer Risks in Male <i>BRCA1</i> and <i>BRCA2</i> Mutation Carriers Using Polygenic Risk Scores

2017· article· en· W2608082925 sur OpenAlexfundno aff
Julie Lecarpentier, Valentina Silvestri, Karoline Kuchenbaecker, Daniel Barrowdale, Joe Dennis, Lesley McGuffog, Penny Soucy, Goska Leslie, Piera Rizzolo, Anna Sara Navazio, Virginia Valentini, Veronica Zelli, Andrew Lee, Ali Amin Al Olama, Jonathan P. Tyrer, Melissa C. Southey, Esther M. John, Thomas Conner, David E. Goldgar, Saundra S. Buys, Ramūnas Janavičius, Linda Steele, Yuan Chun Ding, Susan L. Neuhausen, Thomas van Overeem Hansen, Ana Osório, Jeffrey N. Weitzel, Angela Toss, Veronica Medici, Laura Cortesi, Ines Zanna, Domenico Palli, Paolo Radice, Siranoush Manoukian, Bernard Peissel, Jacopo Azzollini, Alessandra Viel, Giulia Cini, Giuseppe Damante, Stefania Tommasi, Paolo Peterlongo, Florentia Fostira, Ute Hamann, D. Gareth Evans, Alex Henderson, Carole Brewer, Diana Eccles, Jackie Cook, Kai-Ren Ong, Lisa Walker, Lucy Side, Mary Porteous, Rosemarie Davidson, Shirley Hodgson, Debra Frost, Julian Adlard, Louise Izatt, Rosalind A. Eeles, Marc Tischkowitz, Andrew K. Godwin, Alfons Meindl, Andrea Gehrig, Bernd Dworniczak, Christian Sutter, Christoph Engel, Dieter Niederacher, Doris Steinemann, Jan Hauke, Kerstin Rhiem, Karin Kast, Norbert Arnold, Nina Ditsch, Shan Wang‐Gohrke, Barbara Wappenschmidt, Dorothea Wand, Christine Lasset, Dominique Stoppa‐Lyonnet, Muriel Belotti, Francesca Damiola, Laure Barjhoux, Sylvie Mazoyer, Mattias Van Heetvelde, Bruce Poppe, Kim De Leeneer, Kathleen Claes, Miguel de la Hoya, Vanesa García‐Barberán, Pedro Pérez Segura, Johanna I. Kiiski, Kristiina Aittomäki, Sofia Khan, Heli Nevanlinna, Christi J. van Asperen, Vaszko Tibor, Miklós Kásler, Edith Oláh, Judith Balmañà, Sara Gutiérrez‐Enríquez, Orland Dı́ez, Àlex Teulé, Á. Izquierdo, Esther Darder, Joan Brunet, Jesús Del Valle, Lídia Feliubadaló, Miquel Angel Pujana, Conxi Lázaro, Aðalgeir Arason, Bjarni A. Agnarsson, Oskar T. Johannsson, Rósa B. Barkardóttir, Elisa Alducci, Silvia Tognazzo, Marco Montagna, Manuel R. Teixeira, Pedro Pinto, Amanda B. Spurdle, Helene Holland, Jong Won Lee, Min Hyuk Lee, Jihyoun Lee, Sung-Won Kim, Eunyoung Kang, Zisun Kim, Priyanka Sharma, Timothy R. Rebbeck, Joseph Vijai, Mark E. Robson, Anne Lincoln, Jacob Musinsky, Pragna Gaddam, Yen Y. Tan, Andreas Berger, Christian F. Singer, Jennifer T. Loud, Mark H. Greene, Anna Marie Mulligan, Gord Glendon, Irene L. Andrulis, Amanda E. Toland, Leigha Senter, Anders Bojesen, Henriette Roed Nielsen, Anne‐Bine Skytte, Lone Sunde, Uffe Birk Jensen, Inge Søkilde Pedersen, Lotte Krogh, Torben A. Kruse, Maria A. Caligo, Sook-Yee Yoon, Soo‐Hwang Teo, Anna von Wachenfeldt, Dezheng Huo, Sarah M. Nielsen, Olufunmilayo I. Olopade, Katherine L. Nathanson, Susan M. Domchek, Christa Lorenchick, Rachel C. Jankowitz, Ian Campbell, Paul A. James, Gillian Mitchell, Nick Orr, Sue K. Park, Mads Thomassen, Kenneth Offit, Fergus J. Couch, Jacques Simard, Douglas F. Easton, Georgia Chenevix‐Trench, Rita K. Schmutzler, Antonis C. Antoniou, Laura Ottini

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Oncology · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNIH Office of the DirectorInstituto de Salud Carlos IIIEuropean Social FundMedical Research CouncilQIMR Berghofer Medical Research InstituteSchool of MedicineNational Institutes of HealthUniversitätsklinikum KölnKWF KankerbestrijdingFox Chase Cancer CenterMinistero dello Sviluppo EconomicoUniversità degli Studi di UdineRoyal Marsden NHS Foundation TrustFondazione Italiana per la Ricerca sul CancroHospices Civils de LyonNational Health and Medical Research CouncilDeutsche KrebshilfeMedizinische Universität WienMedizinischen Hochschule HannoverUniversitair Medisch Centrum GroningenCancer Council QueenslandLeids Universitair Medisch CentrumCentre Hospitalier Universitaire de QuébecMedical Center, University of PittsburghWestfälische Wilhelms-Universität MünsterCentre National de la Recherche ScientifiqueEuropean CommissionCanadian Institutes of Health ResearchLietuvos Mokslo TarybaPeter MacCallum Cancer CentreOdense UniversitetshospitalUniversitair Ziekenhuis GentAalborg UniversitetshospitalGentofte HospitalFondation ARC pour la Recherche sur le CancerIstituto Toscano TumoriHarvard T.H. Chan School of Public HealthHungarian Scientific Research FundUnicancerGeneral Secretariat for Research and TechnologyHáskóli ÍslandsLandspítali HáskólasjúkrahúsErasmus Medisch CentrumMinisterio de Economía y CompetitividadMinistero della SaluteUniversity of TorontoMcGill UniversityGeneralitat de CatalunyaNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekSoonchunhyang UniversityUniversiteit GentSapienza Università di RomaNational Breast Cancer FoundationNational Cancer InstituteSeoul National UniversityInstitut Claudius RegaudMinistério da Ciência, Tecnologia e InovaçãoOhio State UniversityUniversiteit LeidenCentre Léon BérardGovernment of CanadaMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterIstituto Oncologico VenetoHelsingin YliopistoUniversité LavalRadboud Universitair Medisch CentrumUniversität WienRadboud UniversiteitCancer AustraliaUniversité de LyonFonds Wetenschappelijk OnderzoekHuntsman Cancer InstituteCancer Research UKAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroBeckman Research Institute, City of HopeFondation du cancer du sein du QuébecWellcome TrustDeutsches KrebsforschungszentrumCancer Research InstituteKansas Bioscience AuthorityDr. Ralph and Marian Falk Medical Research TrustInstitut BergoniéCancer Center, University of KansasCancerfondenRigshospitaletMinistère du Développement Économique, de l’Innovation et de l’ExportationFundación Mutua MadrileñaDavid F. and Margaret T. Grohne Family FoundationBreast Cancer Research FoundationUniversity of PittsburghJewish General HospitalNational Institute for Health and Care ResearchAarhus UniversitetshospitalAalborg UniversitetGenome CanadaCreighton UniversityInstitut Català de la SalutInstitut Gustave-RoussyUniversity of PennsylvaniaFundación CellexAarhus UniversitetCollege of Medicine, Seoul National UniversitySusan G. Komen for the Cure
Mots-clésMedicineBreast cancerProstate cancerPolygenic risk scoreOncologyLifetime riskMutationInternal medicineProstateCancerGeneticsGeneSingle-nucleotide polymorphismGenotypeBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Purpose BRCA1/2 mutations increase the risk of breast and prostate cancer in men. Common genetic variants modify cancer risks for female carriers of BRCA1/2 mutations. We investigated—for the first time to our knowledge—associations of common genetic variants with breast and prostate cancer risks for male carriers of BRCA1/ 2 mutations and implications for cancer risk prediction. Materials and Methods We genotyped 1,802 male carriers of BRCA1/2 mutations from the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 by using the custom Illumina OncoArray. We investigated the combined effects of established breast and prostate cancer susceptibility variants on cancer risks for male carriers of BRCA1/2 mutations by constructing weighted polygenic risk scores (PRSs) using published effect estimates as weights. Results In male carriers of BRCA1/2 mutations, PRS that was based on 88 female breast cancer susceptibility variants was associated with breast cancer risk (odds ratio per standard deviation of PRS, 1.36; 95% CI, 1.19 to 1.56; P = 8.6 × 10 −6 ). Similarly, PRS that was based on 103 prostate cancer susceptibility variants was associated with prostate cancer risk (odds ratio per SD of PRS, 1.56; 95% CI, 1.35 to 1.81; P = 3.2 × 10 −9 ). Large differences in absolute cancer risks were observed at the extremes of the PRS distribution. For example, prostate cancer risk by age 80 years at the 5th and 95th percentiles of the PRS varies from 7% to 26% for carriers of BRCA1 mutations and from 19% to 61% for carriers of BRCA2 mutations, respectively. Conclusion PRSs may provide informative cancer risk stratification for male carriers of BRCA1/2 mutations that might enable these men and their physicians to make informed decisions on the type and timing of breast and prostate cancer risk management.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,115
Score d'incertitude au seuil0,361

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,088
Tête enseignante GPT0,430
Écart entre enseignants0,342 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations181
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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