Identification of a Novel Alternative Splicing Variant of VvPMA1 in Grape Root under Salinity
Notice bibliographique
Résumé
It has been well demonstrated that the control of plasma membrane H+-ATPase (PM H+-ATPase) activity is important to plant salt tolerance. This study found a significant increase in PM H+-ATPase (PMA) activity in grape root exposed to NaCl. Furthermore, 7 Vitis vinifera PM H+-ATPase genes (VvPMAs) were identified within the grape genome and the expression response of these VvPMAs in grape root under salinity was analyzed. Two VvPMAs (VvPMA1 and VvPMA3) were expressed more strongly in roots than the other five VvPMAs. Moreover, roots exhibited diverse patterns of gene expression of VvPMA1 and VvPMA3 responses to salt stress. Interestingly, two transcripts of VvPMA1, which were created through alternative splicing (AS), were discovered and isolated from salt stressed root. Comparing the two VvPMA1 cDNA sequences (designated VvPMA1α and VvPMA1β) with the genomic sequence revealed that the second intron was retained in the VvPMA1β cDNA. This intron retention was predicted to generate a novel VvPMA1 through N-terminal truncation because of a 5’- terminal frame shift. Yeast complementation assays of the two splice variants showed that VvPMA1β could enhance the ability to complement Saccharomyces cerevisiae deficient in PM H+-ATPase activity. In addition, the expression profiles of VvPMA1α and VvPMA1β differed under salinity. Our data suggests that through AS, the N-terminal length of VvPMA1 may be regulated to accurately modulate PM H+-ATPase activity of grape root in salt stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».