Capillary Electrophoretic Peptide Mapping to Probe the Immobilization/ Digestion Conditions of Glutaraldehyde-crosslinked Chymotrypsin
Notice bibliographique
Résumé
The use of immobilized enzymes in proteomics studies has increased over the last decade not only due to their ease of use in fluidic systems but also because autoproteolysis is suppressed allowing use of high ratios of enzyme-to-substrate for rapid digestion. Chymotrypsin immobilization by crosslinking with excess aqueous glutaraldehyde (GA) has been used to produce a gel-like agglomerated pellet of high enzyme loading capable of digesting protein. The simple procedure involved dropwise addition of 80 L GA (2.5% in water) to 80 L chymotrypsin in pH 6.4 phosphate buffer, reaction for 2 h at room temperature without stirring, washing with buffer and NaCl, then deactivation of any free aldehyde groups by reaction with 200 mM glycine for 3 h. The enzyme was ready for use after washing with buffer and water. The efficiency of the immobilized enzyme for protein digestion was followed by capillary electrophoretic (CE) peptide mapping with absorbance detection at 200 nm. A study comparing preparation methods showed that making a small immobilized enzyme pellet leads to better digestions (i.e., peptide maps) compared to using a five-fold larger pellet or a part of the latter. When three different buffers for the chymotrypsin crosslinking reaction were compared, sodium phosphate at pH 6.4 showed better batch-to-batch reproducibility and activity of the immobilized enzyme: overall peak area RSD was 27% versus 39% and 43% for the other pHs (with 11% of this variability due to the CE method) and up to 3 times more peptide peaks were detected. The immobilized chymotrypsin pellet could be used for two consecutive digestions of denatured BSA and was able to partially digest native BSA. Keywords: Capillary electrophoresis, chymotrypsin, glutaraldehyde, immobilized enzymes, peptide mapping.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».