External quality assessment study for ebolavirus PCR-diagnostic promotes international preparedness during the 2014 – 2016 Ebola outbreak in West Africa
Notice bibliographique
Résumé
During the recent Ebola outbreak in West Africa several international mobile laboratories were deployed to the mainly affected countries Guinea, Sierra Leone and Liberia to provide ebolavirus diagnostic capacity.Additionally, imported cases and small outbreaks in other countries required global preparedness for Ebola diagnostics.Detection of viral RNA by reverse transcription polymerase chain reaction has proven effective for diagnosis of ebolavirus disease and several assays are available.However, reliability of these assays is largely unknown and requires serious evaluation.Therefore, a proficiency test panel of 11 samples was generated and distributed on a global scale.Panels were analyzed by 83 expert laboratories and 106 data sets were returned.From these 78 results were rated optimal and 3 acceptable, 25 indicated need for improvement.While performance of the laboratories deployed to West Africa was superior to the overall performance there was no significant difference between the different assays applied. Author summaryFor the highly infectious and deadly ebolavirus disease (EVD) to date neither specific treatment nor vaccines are available.Rapid and adequate isolation of patients is the only option to contain and to combat spreading of the disease.Reliable and sensitive diagnosis that allows efficient identification of infected individuals is a pre-requisite for outbreak management.External Quality Assurance (EQA) studies are a vital tool to assess individual diagnostic laboratory performance particularly important during the outbreak of novel emerging infections.Therefore, a panel of inactivated ebolavirus samples was generated in order to perform an EQA for ebolavirus diagnostic during the recent outbreak in
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,046 | 0,049 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».