First report of <i>Hibiscus chlorotic ringspot virus</i> in Turkey
Notice bibliographique
Résumé
Hibiscus rosa-sinensis (rose of China) is an ornamental plant grown throughout the tropics and subtropics, and under glass in more temperate areas. It is commonly used in landscape design; however, pathogens causing diseases on H. rosa-sinensis are not well described, especially in Turkey. Hibiscus chlorotic ringspot virus (HCRSV) is one of the pathogens causing diseases on H. rosa-sinensis. The virus belongs to the genus Betacarmovirus in the family Tombusviridae. Symptoms of HCRSV vary from vein banding to chlorotic ringspots on leaves of H. rosa-sinensis (Waterworth et al., 3; Luria et al., 2). In September 2016, similar symptoms were observed on leaves of H. rosa-sinensis in the Mugla province of Turkey (Figs. 1-2). Infected leaves were collected from eight different plants and stored at -80°C until further analyses. For RT-PCR, a pair of primers specific to parts of the coat protein (CP) gene of HCRSV were designed (AK-1 HCRSV-F 5'-AAGAGAGCAGCCAATAGA-3' and AK-2 HCRSV-R 5'-GAAGAAGAACAAGAAGCGA-3'), based on the complete genome sequence of HCRSV (GenBank Accession No. NC_003608; Huang et al., 1). Total RNA was isolated using the RNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Canada) and RT-PCR was done using the PrimeScript RT-PCR kit (Takara, Japan) according to the manufacturer's instructions. As expected, a 759 bp DNA fragment corresponding to the partial CP gene was amplified from all samples. Two PCR products, designated MGL1 and MGL2, were selected randomly, purified and sequenced bi-directionally using primers AK-1 HCRSV-F and AK-2 HCRSV-R. The sequences of isolates MGL1 and MGL2 were deposited in GenBank with the accession numbers KY420907 and KY420908, respectively BLAST analysis of these sequences confirmed similarity to HCRSV sequences. Different HCRSV sequences from various regions of the world were used for sequence analysis. The identities at nucleotide and amino acid level between Turkish and other HCRSV isolates were determined using a partial 517 bp sequence of the CP gene after alignment with ClustalW, and ranged from 94-98% and 86-97% identity, respectively. The phylogenetic relationship of different HCRSV isolates was determined by using the neighbor-joining-method and the Turkish isolates clustered closely with isolates from Iran and Israel (Fig. 3). To our knowledge, this is the first report of HCRSV in Turkey.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».