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Enregistrement W2610853046 · doi:10.1109/tcbb.2018.2824814

Machine Vision System for 3D Plant Phenotyping

2018· preprint· en· W2610853046 sur OpenAlexafffund
Ayan Chaudhury, Christopher D. Ward, Ali Talasaz, Alexander G. Ivanov, Mark Brophy, Bernard Grodzinski, Norman P. A. Huner, Rajni V. Patel, John A. Barron

Notice bibliographique

RevueIEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSmart Agriculture and AI
Établissements canadiensUniversity of GuelphWestern University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research Chairs
Mots-clésPoint cloudRobotComputer scienceMachine visionPlant factoryScannerPayload (computing)Computer visionArtificial intelligenceThroughputLaser scanningArabidopsis thalianaBiologyBotanyPhysicsOptics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Machine vision for plant phenotyping is an emerging research area for producing high throughput in agriculture and crop science applications. Since 2D based approaches have their inherent limitations, 3D plant analysis is becoming state of the art for current phenotyping technologies. We present an automated system for analyzing plant growth in indoor conditions. A gantry robot system is used to perform scanning tasks in an automated manner throughout the lifetime of the plant. A 3D laser scanner mounted as the robot's payload captures the surface point cloud data of the plant from multiple views. The plant is monitored from the vegetative to reproductive stages in light/dark cycles inside a controllable growth chamber. An efficient 3D reconstruction algorithm is used, by which multiple scans are aligned together to obtain a 3D mesh of the plant, followed by surface area and volume computations. The whole system, including the programmable growth chamber, robot, scanner, data transfer, and analysis is fully automated in such a way that a naive user can, in theory, start the system with a mouse click and get back the growth analysis results at the end of the lifetime of the plant with no intermediate intervention. As evidence of its functionality, we show and analyze quantitative results of the rhythmic growth patterns of the dicot Arabidopsis thaliana (L.), and the monocot barley (Hordeum vulgare L.) plants under their diurnal light/dark cycles.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,045
Score d'incertitude au seuil0,151

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0450,025

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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