Regional patterns in ammonia-oxidizing communities throughout Chukchi Sea waters from the Bering Strait to the Beaufort Sea
Notice bibliographique
Résumé
AME Aquatic Microbial Ecology Contact the journal Facebook Twitter RSS Mailing List Subscribe to our mailing list via Mailchimp HomeLatest VolumeAbout the JournalEditorsSpecials AME 79:273-286 (2017) - DOI: https://doi.org/10.3354/ame01834 Regional patterns in ammonia-oxidizing communities throughout Chukchi Sea waters from the Bering Strait to the Beaufort Sea Julian Damashek1,2,**, Kade P. Pettie1,3,**, Zachary W. Brown1,4, Matthew M. Mills1, Kevin R. Arrigo1, Christopher A. Francis1,* 1Department of Earth System Science, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA 2Present address: Department of Marine Sciences, University of Georgia, Athens, GA 30602, USA 3Present address: Department of Biology, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA 4Present address: Inian Islands Institute, Gustavus, AK 99826, USA *Corresponding author: caf@stanford.edu**These authors contributed equally to this study ABSTRACT: The shallow Chukchi Sea is a highly productive region of the Arctic Ocean, fed by Pacific water transported north through the Bering Strait. Nitrification in Chukchi Sea bottom waters oxidizes significant amounts of regenerated ammonium, which increases the pool of nitrate available for denitrification and changes the nutrient balance of this water prior to export to the Canada Basin. However, little is known about the ammonia-oxidizing microbial communities in Chukchi Sea waters. We used quantitative polymerase chain reaction assays to determine the abundance and transcriptional activity of both ammonia-oxidizing Archaea (AOA) and ammonia-oxidizing Bacteria (AOB) along coastal Chukchi Sea bottom waters, as well as waters of Atlantic-origin over the Beaufort slope. While AOA significantly outnumbered AOB in deeper Beaufort slope waters, AOB were more abundant at most coastal stations, potentially due to a greater concentration of regenerated ammonium trapped in coastal bottom waters. Quantification of 2 marine AOA ecotypes, Water Column A (WCA) and Water Column B (WCB), showed a surprisingly high abundance of WCB, generally considered a deep-water ecotype, in shallow coastal waters as well as deep slope waters, likely due to transport via shelfbreak upwelling. Transcript abundances also suggested WCA and WCB in coastal waters were transcriptionally active at comparable levels. The relatively high abundance of AOB and WCB suggests the Chukchi Sea has unique ammonia-oxidizing communities compared to most shallow coastal oceans, highlighting the importance of regional biogeochemical processes (ammonium regeneration) and physical processes (upwelling) in structuring coastal microbial communities. KEY WORDS: Thaumarchaeota · Ammonia oxidizers · Arctic · Ammonium · Ecotypes · Nitrification Full text in pdf format Supplementary material PreviousCite this article as: Damashek J, Pettie KP, Brown ZW, Mills MM, Arrigo KR, Francis CA (2017) Regional patterns in ammonia-oxidizing communities throughout Chukchi Sea waters from the Bering Strait to the Beaufort Sea. Aquat Microb Ecol 79:273-286. https://doi.org/10.3354/ame01834 Export citation RSS - Facebook - Tweet - linkedIn Cited by Published in AME Vol. 79, No. 3. Online publication date: July 05, 2017 Print ISSN: 0948-3055; Online ISSN: 1616-1564 Copyright © 2017 Inter-Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».