Whole-Genome Sequence Analysis of Antimicrobial Resistance Genes in Streptococcus uberis and Streptococcus dysgalactiae Isolates from Canadian Dairy Herds
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The objectives of this study were to determine the occurrence of antimicrobial resistance (AMR) genes using whole genome sequence (WGS) of Streptococcus uberis (S. uberis) and Streptococcus dysgalactiae (S. dysgalactiae) isolates, recovered from dairy cows in the Canadian Maritime Provinces. A secondary objective included the exploration of the association between phenotypic AMR and the genomic characteristics (genome size, guanine-cytosine content (GC), and occurrence of unique gene sequences). An initial number of 91 isolates were sequenced, and from this number, 89 were assembled. Furthermore, 16 isolates were excluded due to larger than expected genomic sizes (> 2.3 x 1,000 bp). In the final analysis, 73 were used with complete WGS and MIC records, which were part of the previous phenotypic AMR study, representing 18 dairy herds from the Maritime region of Canada, (Cameron et al., 2016). A total of 23 unique AMR gene sequences were found in the bacterial genomes, with a mean number of 8.1 (minimum: 5; maximum: 13) per genome. Overall, there were 10 AMR genes [ANT(6), TEM-127, TEM-163, TEM-89, TEM-95, Linb, Lnub, Ermb, Ermc, TetS] present only in S. uberis genomes and two genes unique (EF-TU, TEM-71) to the S .dysgalactiae genomes; 11 AMR genes [APH(3') , TEM-1,TEM-136, TEM-157,TEM-47,TetM, bl2b, gyrA, parE, phoP, rpoB] were found in both bacterial species. Two-way tabulations showed association between the phenotypic susceptibility to lincosamides and the presence of linB (P=0.002) and lnuB (P 11 AMR genes present in the genome, compared with 250,000 cells/mL, a trend towards higher odds of resistance compared with the baseline category of <150,000 cell/mL was observed. When the isolate corresponded to a post-mastitis sample, there were
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle