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Enregistrement W2611574484 · doi:10.1016/j.ajhg.2017.04.003

International Cooperation to Enable the Diagnosis of All Rare Genetic Diseases

2017· article· en· W2611574484 sur OpenAlexafffund
Kym M. Boycott, Ana Rath, Jessica X. Chong, Taila Hartley, Fowzan S. Alkuraya, Gareth Baynam, Anthony J. Brookes, Michael Brudno, Ángel Carracedo, Johan T. den Dunnen, Stephanie O. M. Dyke, Xavier Estivill, Jack Goldblatt, Catherine Gonthier, Stephen C. Groft, Marta Gut, Ada Hamosh, Philip Hieter, Sophie Höhn, Matthew E. Hurles, Petra Kaufmann, Bartha Maria Knoppers, Jeffrey P. Krischer, Milan Maçek, Gert Matthijs, Annie Olry, Samantha Parker, Justin Paschall, Anthony Philippakis, Heidi L. Rehm, Peter N. Robinson, Pak C. Sham, Румен Стефанов, Domenica Taruscio, Divya Unni, Megan R. Vanstone, Feng Zhang, Han G. Brunner, Michael J. Bamshad, Hanns Lochmüller

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of TorontoUniversity of British ColumbiaMcGill UniversityChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilOntario Genomics InstituteCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaOntario GenomicsWellcome TrustEuropean CommissionJohns Hopkins UniversityUniversity of Washington
Mots-clésComputer scienceComputational biologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Provision of a molecularly confirmed diagnosis in a timely manner for children and adults with rare genetic diseases shortens their "diagnostic odyssey," improves disease management, and fosters genetic counseling with respect to recurrence risks while assuring reproductive choices. In a general clinical genetics setting, the current diagnostic rate is approximately 50%, but for those who do not receive a molecular diagnosis after the initial genetics evaluation, that rate is much lower. Diagnostic success for these more challenging affected individuals depends to a large extent on progress in the discovery of genes associated with, and mechanisms underlying, rare diseases. Thus, continued research is required for moving toward a more complete catalog of disease-related genes and variants. The International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC) was established in 2011 to bring together researchers and organizations invested in rare disease research to develop a means of achieving molecular diagnosis for all rare diseases. Here, we review the current and future bottlenecks to gene discovery and suggest strategies for enabling progress in this regard. Each successful discovery will define potential diagnostic, preventive, and therapeutic opportunities for the corresponding rare disease, enabling precision medicine for this patient population.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,025
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,022
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil0,135

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0250,022
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0020,008
Intégrité de la recherche0,0040,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0300,011

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,277 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations453
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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